当合同中约定的违约金过高时，这确实是一个需要谨慎处理的问题，因为过高的违约金可能不仅无法合理弥补损失，还可能对违约方造成不公平的负担。以下是我为您提供的详细分析和建议：
一、违约金约定的合法性原则
首先，我们需要明确的是，违约金的约定应当遵循公平、合理的原则，既要能够弥补守约方的损失，又不能过分加重违约方的责任。根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，但约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
二、违约金过高的协商调整
协商阶段：在合同订立后、履行前或履行中，如果一方认为约定的违约金过高，可以主动与对方进行沟通协商。
协商方式：双方可以就违约金过高的问题进行坦诚交流，明确说明各自的理由和诉求，尝试达成一个双方都能接受的合理范围。
协商优势：协商调整违约金具有灵活便捷、成本较低的优势，能够在不影响合同履行和双方合作关系的前提下解决问题。
示例：假设甲公司与乙公司签订了一份货物买卖合同，其中约定违约金为合同总金额的50%。在合同履行前，甲公司认为该违约金过高，经与乙公司协商，双方同意将违约金调整为合同总金额的20%，这样既保证了乙公司的利益，又减轻了甲公司的负担。
三、违约金过高的法律调整
法律依据：如果双方无法通过协商解决违约金过高的问题，可以向人民法院或仲裁机构提出申请，要求调整违约金数额。
申请要点：在申请过程中，需要提供充分的证据来证明违约金确实过高，如实际损失的计算依据、类似案例的判决结果等。同时，要明确说明调整违约金的理由和诉求。
法院或仲裁机构考量因素：在审理过程中，法院或仲裁机构会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益以及实际损失等多种因素来确定合理的违约金数额。
示例：在一份房屋租赁合同中，承租方因经营困难提前解除合同，出租方要求支付剩余租期租金总额50%的违约金。承租方认为该违约金过高，向法院提起诉讼。法院经审理后，根据出租方的实际损失、承租方的过错程度以及合同履行情况等因素，适当下调了违约金数额。
四、建议与总结
优先协商：在处理违约金过高的问题时，建议当事人首先尝试通过协商的方式解决。这有助于维护双方的合作关系，避免不必要的法律纠纷。
依法维权：如果协商无果，可以依法向人民法院或仲裁机构提出申请，要求调整违约金数额。在提出申请或抗辩时，务必提供充分的证据和理由来支持自己的主张。
了解法律：当事人应了解并尊重法律的相关规定和程序，以确保自身权益得到有效维护。同时，也要注意诉讼时效的问题，及时行使自己的权利。
综上所述，当合同中约定的违约金过高时，当事人应积极采取措施，通过合法途径请求适当减少。在协商和申请调整的过程中，应注重证据的收集和整理，以确保自身的主张能够得到法律的支持。