结论：公司法人（这里可能指的是“法定代表人”）百分百控股但不是法定代表人（这里可能原表述有混淆，实际想表达的是“不是以法定代表人身份参与公司管理”或“公司实际控制人非法定代表人情形”）的情况下，其权利主要来源于股东身份，而非法定代表人身份。具体权利包括但不限于分红权、表决权、知情权等股东基本权利，以及可能通过公司章程或股东协议约定的其他特殊权利。

详细分析：

1. 股东基本权利：

   • 分红权：作为公司股东，无论其是否担任法定代表人，都有权按照其持股比例分享公司的利润。这是股东最基本的经济权利之一。
   • 表决权：在股东大会上，股东有权根据其持股比例行使表决权，对公司重大事项进行决策。这是股东参与公司治理的重要方式。
   • 知情权：股东有权查阅公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告等文件，了解公司的经营状况和财务状况。

2. 特殊权利：

   • 公司章程或股东协议约定的权利：除了上述基本权利外，股东还可以通过公司章程或股东协议约定其他特殊权利。例如，可以约定特定股东对公司重大事项的一票否决权、优先购买权等。这些特殊权利的具体内容和行使方式需根据公司章程或股东协议的约定来确定。
   • 实际控制权：如果该股东虽然不是法定代表人，但通过持股比例、协议安排或其他方式实际控制了公司，那么他可能在实际操作中享有更多的决策权和管理权。然而，这种实际控制权并非法律直接赋予的权利，而是基于事实状态和公司内部治理结构形成的。

3. 与法定代表人身份无关的权利限制：

   • 需要注意的是，作为股东并不自动赋予其担任公司法定代表人的资格或权利。法定代表人的选举和更换需根据公司章程和法律规定进行，通常由董事长、执行董事或经理担任。因此，即使股东百分百控股，如果未被选举为法定代表人，他也不享有法定代表人特有的权利，如代表公司签署法律文件、参与诉讼等。

法律建议：

• 对于百分百控股的股东而言，应充分利用其股东身份行使基本权利，并关注公司章程和股东协议的约定，以确保自身权益得到充分保障。
• 如果股东希望在公司治理中发挥更大作用，可以考虑通过合法途径争取成为法定代表人或参与公司高级管理层的决策。
• 在涉及公司重大事项时，股东应积极参与股东大会并行使表决权，以维护自身利益和公司整体利益。

可能后果：

• 如果股东未充分行使其权利或忽视公司章程和股东协议的约定，可能导致其权益受损或在公司治理中处于被动地位。
• 如果股东滥用其控股地位损害公司或其他股东的利益，可能面临法律责任和声誉损失。

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