甲方自愿补偿乙方的协议，在符合法定条件的情况下是生效的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、协议生效的法定条件

1. 双方意思表示真实：协议必须是甲方和乙方在平等、自愿的基础上，真实表达各自意愿的结果。如果存在欺诈、胁迫等情形，导致一方意思表示不真实，则协议可能无效或可撤销。

2. 协议内容合法：协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。如果协议内容涉及违法或违背社会道德，则协议无效。

3. 协议形式合法：虽然大多数补偿协议不需要特定的形式，但如果法律法规对协议形式有特别要求（如书面形式），则必须遵守。例如，涉及不动产的补偿协议，通常需要采用书面形式。

二、协议生效的具体情形

1. 双方已签署协议：如果甲方和乙方已经签署了补偿协议，且协议内容符合上述法定条件，则协议自签署之日起生效。

2. 协议已履行或部分履行：如果协议已经实际履行或部分履行，且履行过程中没有出现争议或纠纷，这也可以作为协议生效的一个佐证。但需要注意的是，履行行为本身并不直接决定协议的效力，而是协议效力的一种表现。

三、协议可能无效或可撤销的情形

1. 存在欺诈、胁迫等情形：如果甲方在签署协议时存在欺诈、胁迫等行为，导致乙方意思表示不真实，则乙方有权请求法院或仲裁机构撤销协议。

2. 协议内容显失公平：如果协议内容明显对一方不利，且这种不利是由于另一方利用优势地位或对方没有经验等原因造成的，则受不利影响的一方有权请求法院或仲裁机构变更或撤销协议。但需要注意的是，显失公平的认定需要综合考虑多种因素，如双方的经济状况、交易习惯等。

3. 违反法律法规或公序良俗：如果协议内容违反法律法规的规定或违背公序良俗，则协议无效。例如，协议中约定甲方通过非法手段获取利益来补偿乙方，这样的协议就是无效的。

四、法律建议

1. 在签署协议前仔细审查：甲方和乙方在签署补偿协议前，应仔细审查协议内容，确保协议符合法定条件且内容合法、合理。

2. 保留相关证据：在协议履行过程中，双方应保留好相关证据，如转账记录、收据、沟通记录等，以备不时之需。

3. 及时咨询专业律师：如果双方对协议的效力或履行过程中出现争议，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。

总结来说，甲方自愿补偿乙方的协议在符合法定条件的情况下是生效的。但双方在签署和履行协议过程中，仍需谨慎对待，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。