协议无效的情况下，自愿支付的赔偿金是否有效，需分情况讨论：
协议无效但赔偿金支付行为独立有效
- 若协议因违反法律强制性规定（如恶意串通损害国家利益）或公序良俗（如赌博债务）被认定无效，但赔偿金支付行为本身不违法且双方意思表示真实，则该支付行为可能被认定为有效。例如：甲乙签订虚假合同骗取贷款，后协议被认定无效，但甲自愿向乙支付10万元作为“补偿”，若该支付未涉及其他违法行为，可能被视为独立有效的民事行为。
- 法律依据：根据《民法典》第一百五十七条，民事法律行为无效后，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。若赔偿金支付属于过错方对损失的补偿，且金额合理，法院可能支持其效力。
协议无效导致赔偿金支付行为无效
- 若协议无效的原因是因欺诈、胁迫或显失公平等可撤销情形，且赔偿金支付行为与协议内容紧密关联（如协议约定“因违约需支付高额赔偿金”），则赔偿金支付行为可能因协议无效而失去效力。例如：甲以暴力威胁乙签订高额赔偿协议，后协议被撤销，乙已支付的赔偿金可要求返还。
- 法律依据：根据《民法典》第一百四十八条至第一百五十一条，受欺诈、胁迫或显失公平的当事人有权请求撤销协议，撤销后行为自始无效，已履行的部分可要求恢复原状或赔偿损失。
特殊情形：赔偿金支付行为构成独立合同
- 若赔偿金支付行为与原协议无关，或双方在协议无效后另行达成赔偿合意（如签订补充协议），则该赔偿行为可能构成独立合同，有效与否取决于新合同是否满足法定条件（如主体适格、意思表示真实、内容合法等）。例如：甲乙签订买卖合同后因质量问题产生纠纷，原合同被认定无效，但双方另行签订赔偿协议约定甲向乙支付5万元作为损失补偿，若该协议符合法定条件，则有效。
法律建议：
- 审查协议无效原因：明确协议无效的具体法律依据（如《民法典》第一百四十四条至第一百五十四条），判断赔偿金支付行为是否受影响。
- 评估赔偿金合理性：若赔偿金金额显著高于实际损失，可能被认定为“显失公平”或“惩罚性赔偿”，法院可能调整金额或认定无效。
- 保留证据：妥善保存协议文本、支付凭证、沟通记录等证据，以便在纠纷中证明赔偿金支付的性质和目的。
- 及时咨询：若对协议效力或赔偿金支付有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。
总结：协议无效不必然导致赔偿金支付行为无效，需结合协议无效原因、赔偿金支付性质及双方意思表示综合判断。建议根据具体情况采取相应法律措施，以维护自身权益。