您好，关于事业单位如何办理停薪留职（这里主要指的是离岗创业的情况，因为当前政策下，传统的“停薪留职”概念已逐渐被“离岗创业”等政策所替代），以下是我为您整理的详细解答：

一、申请条件与流程

1. 身份条件：根据2015年国务院出台的国发【2015】23号文件以及湖南省人民政府办公厅的相关通知，目前主要针对的是高校、科研院所等事业单位的专业技术人员。对于其他系统下的事业单位是否适用，目前还没有具体的政策规定，解释权在文件的制定机关。但一般理解，该政策可能主要着眼于解决产学研结合和科研成果转化问题，因此主要列举了高校和科研院所。

2. 申请流程：如果您符合相关文件规定的身份条件，可以直接向您所在的事业单位提出离岗创业的申请。申请时，需要详细说明您的创业计划、预期成果以及离岗期间的工作安排等。经单位同意后，再按程序办理相关手续，包括签订或变更聘用合同，明确双方的权利义务。

二、离岗期间的权益保障

1. 职称评聘与岗位等级晋升：在离岗创业的3年内，您仍然享有与原单位其他在岗人员同等参加职称评聘、岗位等级晋升的权利。

2. 工资与社保：

   • 工资：您的档案工资可以正常晋级，但实际发放可能会根据单位的具体规定和您的创业情况有所调整。一般来说，离岗期间您可能不会获得全额工资，但具体数额和发放方式需要与单位协商确定。
   • 社保：关于单位是否应当缴纳单位部分的社会保险费，目前还没有统一规定。由于您在此期间没有为单位提供劳动，因此主张社会保险费由单位全额承担可能并不合理。但具体缴纳情况还需要根据单位的规定和当地的政策来确定。

三、期满后的处理

1. 回单位上班：3年期满后，如果您申请回单位上班，并且已经提前与单位沟通并办理了相关手续，那么您的工资应当逐月发放。单位应当根据您的工作表现和岗位需求，合理安排您的工作和薪酬。

2. 其他选择：如果您在离岗创业期间取得了显著的成果，或者由于其他原因不想回原单位上班，也可以与单位协商其他处理方式，如辞职、调动等。

四、政策变动与旧文件效力

关于2006年岳阳市人事局《关于鼓励和促进全民自主创业的若干意见》是否还有效的问题，由于新的创业政策已经出台，并且通常新政策会替代或废止旧政策中与之相冲突或不再适用的部分，因此该旧文件很可能已经无效，不再适用。

总结与建议：

• 如果您是高校、科研院所等事业单位的专业技术人员，并且符合离岗创业的条件，可以向单位提出申请，并按程序办理相关手续。
• 在离岗期间，要关注自己的职称评聘、岗位等级晋升以及工资和社保等权益的保障情况，并与单位保持沟通。
• 期满后，根据自己的实际情况和单位的需求，合理安排回单位上班或其他处理方式。
• 由于政策可能会有变动，建议您在办理过程中及时关注最新的政策动态和单位的规定。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。