公司扣考核工资是否合法，需根据具体情况综合判断，关键在于考核制度的合法性、合理性以及扣减幅度的合规性。以下是对此问题的全面分析：
一、合法扣减考核工资的情形
劳动合同或规章制度有明确约定：
- 若劳动合同或公司规章制度中明确规定了考核工资的考核标准、发放方式及扣减情形，并且这些规定经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），同时已向员工公示或告知，那么公司在员工考核不达标时扣减考核工资通常是合法的。
- 示例：某公司规章制度中明确规定，销售岗位员工的考核工资与销售额挂钩，若未完成既定销售额，将按比例扣减考核工资。该制度经过职工代表大会讨论通过，并向员工公示。在此情况下，公司扣减考核工资是合法的。
经济损失赔偿合法：
- 当员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可按照劳动合同约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需符合《工资支付暂行规定》，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
考核制度合法且合理：
- 考核制度应明确、具体、可量化，与岗位职责紧密相关。考核过程应公正、公平、合理，考核结果应有充分的事实依据支持。
- 示例：某公司对技术岗位员工的考核包括项目完成度、代码质量等指标，这些指标具体、可量化，且考核过程由技术团队和人力资源部门共同参与，确保公正性。在此情况下，公司根据考核结果扣减考核工资是合法的。
二、违法扣减考核工资的情形
考核制度不合法或不明确：
- 若绩效考核制度本身不合法，未经过民主程序制定，或考核标准模糊不清、随意变更，或未提前向员工公示告知，那么以绩效考核为由扣除工资是违法的。
- 示例：某公司未经职工代表大会讨论，自行制定绩效考核制度，且考核标准模糊不清，如“表现不佳”等主观性描述。在此情况下，公司扣减考核工资是违法的。
无正当理由随意扣减：
- 公司无正当理由随意扣减员工的考核工资，或以考核之名行克扣工资之实（如为惩罚员工、强迫离职等恶意扣减），均属违法行为。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 即使绩效考核制度合法，但如果扣除考核工资后员工的实际工资低于当地最低工资标准，这种扣除也是违法的。最低工资标准是保障员工基本生活的法定底线。
三、劳动者权益保护途径
与用人单位协商解决：
- 员工首先应与用人单位沟通协商，了解扣减考核工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。
向劳动行政部门投诉：
- 若协商无果，员工可向当地劳动行政部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。劳动行政部门将依法对用人单位的违法行为进行查处。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如问题仍无法解决，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁，或在必要时向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自身合法权益。
总结与建议：
公司扣考核工资是否合法，需综合考虑考核制度的制定程序、内容明确性、公示情况以及考核过程的公正合理性。作为劳动者，在遇到此类问题时，应首先了解自己的权益和法律规定，与用人单位进行沟通协商。若协商无果，可向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。