公司绩效考核扣工资在符合法律规定的条件下是合法的，但若违反相关法律规定则不合法。以下是对此问题的详细分析：

合法情形及条件

1. 制度依据：

   • 公司应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容。
   • 举例：若公司制定了详细的绩效考核制度，明确了考核标准、周期及结果应用，且该制度经过了职工代表大会的讨论通过，并向全体员工进行了公示，那么公司基于该制度进行绩效考核并扣减工资是合法的。

2. 合同约定：

   • 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则公司有权根据绩效考核结果扣减工资。
   • 举例：劳动合同中明确约定，若员工绩效考核未达标，公司可扣减其绩效工资的10%，且该约定不违反法律法规，那么公司按照此约定扣减工资是合法的。

3. 合理性与公正性：

   • 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。
   • 举例：公司在进行绩效考核时，应确保考核过程公开透明，考核标准明确且合理，扣减工资的比例和幅度也应合理，如扣减比例不超过绩效工资的20%，以确保劳动者的收入不会过低。

4. 法律底线：

   • 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。扣减工资的行为不得违反《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定。
   • 举例：若员工的基本工资为当地最低工资标准，公司在进行绩效考核扣减工资时，应确保扣减后的工资仍不低于该最低工资标准，否则将构成违法。

不合法情形及后果

1. 无制度或合同依据：

   • 若公司未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则公司无权擅自扣减劳动者的工资。
   • 后果：劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并承担相应的法律责任。

2. 考核过程不公正：

   • 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则公司基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。
   • 后果：劳动者同样有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司重新进行绩效考核或补发工资。

3. 违反法律底线：

   • 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了其他法律法规的强制性规定，则公司的行为构成违法。
   • 后果：公司不仅需要补发工资，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款等。

法律建议

• 对于公司：应确保绩效考核制度的合法性和合理性，明确考核标准、周期及结果应用，并在劳动合同中明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。同时，应确保考核过程公开透明，避免主观臆断和暗箱操作。
• 对于劳动者：若认为公司绩效考核扣减工资的行为不合法，首先应尝试与公司进行协商沟通；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

在实际操作中，公司应谨慎对待绩效考核扣减工资的问题，确保行为合法合规，避免不必要的法律纠纷和经济损失。劳动者也应了解自己的权益和维权途径，在必要时寻求法律帮助以确保自身权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。