招标代理公司和中标单位是关联公司，在大多数情况下是违法的，但具体是否违法还需根据实际情况和相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度进行的详细分析：

一、相关法律规定与基本原则

1. 《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条：明确规定与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或者个人，不得参加投标。单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。这一规定旨在防止利益冲突和不正当关联，确保招投标的公正性。若招标代理公司和中标单位存在关联关系，很可能被视为违反了这一规定。

2. 《中华人民共和国招标投标法》第五条：确立了招标投标活动应当遵循的基本原则，即公开、公平、公正和诚实信用。这些原则是招投标活动的基石，任何违反这些原则的行为都可能被视为违法。若招标代理公司和中标单位存在关联关系，且这种关系影响了招投标的公正性，那么这种行为就违反了这一原则。

二、法律原理与实际应用

1. 防止利益冲突和不正当关联：招投标活动的核心目的是通过公平竞争选择最符合要求的供应商或承包商。若招标代理公司和中标单位存在关联关系，将难以避免利益输送、操纵中标结果等不正当行为，严重损害其他市场主体的合法权益，扰乱市场竞争秩序。

2. 维护公共利益和项目质量：许多招标项目涉及公共资源的使用或公共服务的提供，如基础设施建设、政府采购等。确保项目的公平招标和公正实施，对于保障公共利益、提高项目质量和资金使用效益至关重要。若招标代理公司和中标单位存在关联关系，可能会因缺乏有效竞争和监督，导致项目质量下降、成本增加等问题，最终损害公共利益和社会福祉。

3. 特殊情况下的合法性考量：虽然一般情况下招标代理公司和中标单位存在关联关系被视为违法，但在某些特殊情况下，法律可能允许或规定某些特定的关联关系存在。例如，在某些特定行业或领域，可能存在特殊的监管要求或政策导向，使得在某些情况下允许招标代理公司和中标单位存在一定的关联关系。但这种情况非常罕见，且需要严格的法律程序和监管措施来确保公正性。

三、实际操作建议与法律后果

1. 实际操作建议：

   • 招标代理公司在选择中标单位时，应严格遵守相关法律法规，避免与存在关联关系的单位进行投标。
   • 在评标过程中，应严格遵循公平、公正的原则，确保所有投标人的权益得到平等保护。
   • 如发现招标代理公司和中标单位存在关联关系，应及时向相关部门报告，并配合调查处理。

2. 法律后果：

   • 若招标代理公司和中标单位存在关联关系，且这种关系影响了招投标的公正性，那么相关投标可能被视为无效。
   • 招标代理公司和中标单位可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
   • 在严重情况下，相关责任人可能面临刑事责任，如受贿罪、行贿罪等。

总结来说，招标代理公司和中标单位是关联公司，在大多数情况下是违法的。为确保招投标的公正性和合法性，相关当事人应严格遵守相关法律法规，并在遇到复杂情况时及时向我咨询，以规避法律风险。