《农村土地承包经营权流转管理办法》已失效，现行有效的是修订后的《农村土地经营权流转管理办法》。以下是对这一问题的详细解释：
一、法规更替背景
原《农村土地承包经营权流转管理办法》（农业部令2005年第47号）在规范农村土地承包经营权流转行为、保障流转双方合法权益方面发挥了重要作用。然而，随着农村经济的不断发展和土地政策的适时调整，该办法已难以完全适应新时代农村土地经营权流转的实际需求和管理要求。因此，农业农村部对其进行了修订，并发布了新的《农村土地经营权流转管理办法》，该新办法自2021年3月1日起正式施行。
二、新办法的主要内容
修订后的《农村土地经营权流转管理办法》在继承原办法基本原则的基础上，进行了多方面的完善和创新。其主要内容包括：
明确流转原则：新办法强调流转应遵循依法、自愿、有偿的原则，任何组织和个人不得强迫或阻碍土地经营权流转。同时，流转不得改变土地集体所有性质、农业用途，不得破坏农业综合生产能力、生态环境。
规范流转当事人：新办法对流转当事人进行了明确界定，包括承包方、受让方和发包方。其中，受让方须具备农业经营能力或资质，包括农户、家庭农场、农民合作社、农业企业等。
丰富流转方式：新办法规定了出租（转包）、入股等多种流转方式，并鼓励通过流转发展适度规模经营。同时，要求流转双方签订书面合同，明确双方权利义务，并报发包方备案。
强化流转管理与服务：新办法要求县级以上地方政府建立土地流转信息库，促进供需对接；乡镇政府可发布参考价格，引导合理定价；流转合同及相关文件由乡镇农经管理部门归档保存。
保障权益与防范风险：新办法通过纠纷调解、风险防控和监管措施等手段，保障流转当事人的合法权益，防范流转风险。
三、历史遗留问题的处理
尽管原《农村土地承包经营权流转管理办法》已被替代，但在处理涉及农村土地承包经营权流转的历史遗留问题时，仍需考虑其当时的法律规定及流转行为的合法性。对于新发生的土地流转行为，则必须严格遵循修订后的《农村土地经营权流转管理办法》。
四、建议与提醒
查阅最新法规：由于农村土地政策可能随着时间和实际情况的变化而调整，建议相关当事人在进行土地流转活动时，务必查阅最新的法律法规和相关政策文件。
咨询专业人士：土地流转涉及复杂的法律关系和利益调整，建议当事人在操作前咨询专业律师或相关机构，以确保土地流转活动的准确性、合规性，并避免可能的法律风险。
保护自身权益：在土地流转过程中，当事人应充分了解自己的权利和义务，签订书面合同并明确约定各项条款，以保护自身合法权益不受侵害。
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