关于您提出的“农村土地承包经营权流转管理办法是否还在施行”的问题，以下是我的详细解答：

原《农村土地承包经营权流转管理办法》已失效。该办法最初由农业部于2005年颁布，并历经后续年份的修正，但其效力已被修订后的《农村土地经营权流转管理办法》所取代。新办法自2021年3月1日起正式施行，旨在更好地适应新时代农村土地经营权流转的实际需求和管理要求。

现行有效的管理办法是《农村土地经营权流转管理办法》。这一修订不仅强化了耕地保护，确保了粮食安全，还进一步维护了流转双方当事人的合法权益，促进了农业和农村经济的持续健康发展。新办法对土地经营权流转的各个方面进行了详细规定，包括流转的基本原则、流转当事人的权益与方式、流转合同与管理，以及政策引导与服务等。

在处理历史遗留问题时，虽然原《农村土地承包经营权流转管理办法》已被替代，但仍需考虑其当时的法律规定及流转行为的合法性。然而，对于新发生的土地流转行为，则必须严格遵循修订后的《农村土地经营权流转管理办法》。

随着农村经济的不断发展和土地政策的适时调整，相关部门可能会根据实际需要，对《农村土地经营权流转管理办法》进行进一步的修订和完善。因此，在实际操作中，我建议您务必查阅最新的法律法规和相关政策文件，以确保土地流转活动的准确性、合规性，并避免可能的法律风险。

总结来说，针对农村土地承包经营权的流转问题，您应当依据现行有效的《农村土地经营权流转管理办法》进行操作。如果您在流转过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律解读和政策指导，我建议您咨询专业法律人士或机构，以确保您的土地流转活动顺利进行，并维护自身的合法权益。