公司（此处推测为药品监管部门，因公司一般无直接处罚权）对药店查到过期药品的处罚，需根据具体违法情节，依据《中华人民共和国药品管理法》等相关法律法规进行，一般包括警告、罚款、没收违法所得及药品，情节严重的可能吊销许可证。具体分析如下：

1. 警告与责令改正：

   • 根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，对于销售过期药品的行为，药品监督管理部门首先会给予警告，并责令药店立即改正，即停止销售过期药品，并采取措施防止类似情况再次发生。

2. 罚款：

   • 罚款是常见的处罚措施之一。根据违法情节的严重程度，罚款的数额会有所不同。一般来说，对于销售过期药品的行为，罚款的数额会根据过期药品的数量、价值以及药店的违法所得等因素进行确定。例如，根据《中华人民共和国药品管理法》第一百一十七条，生产、销售劣药的，没收违法生产、销售的药品和违法所得，并处违法生产、销售的药品货值金额十倍以上二十倍以下的罚款；违法生产、批发的药品货值金额不足十万元的，按十万元计算，违法零售的药品货值金额不足一万元的，按一万元计算。虽然此条直接针对的是劣药，但过期药品通常也被视为劣药的一种，因此可参照此条进行处罚。不过，具体罚款倍数和金额还需根据地方性法规或规章以及具体案情来确定。

3. 没收违法所得及药品：

   • 药品监督管理部门会没收药店销售过期药品的违法所得，以及尚未销售的过期药品。这是为了防止过期药品继续流入市场，危害公众健康。

4. 吊销许可证：

   • 如果药店的违法行为情节严重，如多次销售过期药品、销售过期药品数量巨大或造成严重后果等，药品监督管理部门可能会吊销其《药品经营许可证》，禁止其继续从事药品经营活动。

建议：

• 药店应严格遵守药品管理法律法规，定期检查药品有效期，及时清理过期药品，确保销售药品的质量安全。
• 如遇到药品监督管理部门检查并发现过期药品，药店应积极配合调查，主动承认错误，并采取措施进行整改，以减轻处罚。
• 若对处罚决定有异议，药店可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。