合作社税务问题责任承担需根据具体情况判断，通常涉及合作社本身、直接负责的主管人员、其他直接责任人员，甚至可能涉及外部第三方。具体分析如下：

1. 合作社作为独立法人主体的责任
   根据《中华人民共和国农民专业合作社法》及《税收征收管理法》，合作社作为独立的市场主体和纳税义务人，需对其税务申报、缴纳等行为承担直接责任。若因合作社未依法纳税（如未按时申报、虚开发票、偷逃税款等）导致税务问题，首先由合作社以自身财产承担行政责任（如补缴税款、滞纳金、罚款）或刑事责任（如构成逃税罪）。

2. 直接负责的主管人员和其他直接责任人员的责任
   若税务问题系因合作社内部人员故意或重大过失导致（如财务负责人伪造账目、理事长决策偷税），根据《税收征收管理法》第六十三条，税务机关可对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以罚款（税额50%至5倍）；若构成犯罪（如逃税罪、虚开发票罪），相关人员需承担刑事责任，可能面临有期徒刑或罚金。

3. 外部第三方的连带责任
   若税务问题涉及外部第三方（如代理记账公司故意隐瞒收入、关联企业协助虚开发票），合作社在承担责任后，可依据《民法典》向第三方追偿；若第三方与合作社构成共同违法（如合谋偷税），税务机关可对第三方同步处罚，构成犯罪的共同追究刑事责任。

实务建议：

• 合作社应完善财务制度，定期审计税务合规性；
  
• 明确内部人员职责，避免个人行为导致集体风险；
  
• 涉及复杂税务问题时，建议提前咨询专业律师或税务师，降低法律风险。
  

若有具体案件细节（如税务问题类型、涉及人员角色等），可进一步向我说明，我会结合法律条文和司法实践为您详细分析。