债务人以债权转让方式个别清偿，其有效性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、债权转让的合法性基础
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，债权转让是合法的民事法律行为，只要债权具有可转让性，且转让行为符合法律规定的程序和条件，即具有法律效力。
可转让性：
- 债权通常具有可转让性，除非法律另有规定或当事人另有约定。例如，根据债权性质不得转让的债权（如基于人身信赖关系的债权）、按照当事人约定不得转让的债权，以及依照法律规定不得转让的债权，则不能进行转让。
二、个别清偿的有效性
一般原则：
- 债务人以债权转让方式进行的个别清偿，如果转让行为本身合法有效，且清偿行为符合债务人与债权人之间的约定或法律规定，那么该个别清偿通常是有效的。
特殊情况：
- 破产程序中的个别清偿：如果债务人已进入破产程序，根据《中华人民共和国企业破产法》的规定，债务人在破产申请受理前六个月内，对个别债权人进行清偿的，管理人有权请求人民法院予以撤销，但个别清偿使债务人财产受益的除外。这是为了保护全体债权人的公平受偿权，防止债务人通过个别清偿损害其他债权人的利益。
- 恶意串通损害他人利益：如果债务人与受让人恶意串通，通过债权转让方式损害其他债权人的利益，那么该个别清偿可能因违反法律强制性规定或公序良俗而无效。
三、实务建议
审查债权转让的合法性：
- 在进行债权转让前，应仔细审查债权的性质、是否受到法律或当事人约定的限制，以及转让程序是否合法等，确保债权转让的合法性。
避免在破产程序中个别清偿：
- 如果债务人已进入破产程序或可能进入破产程序，应谨慎进行个别清偿，以免被管理人撤销或引发其他法律纠纷。
遵守诚实信用原则：
- 在进行债权转让和个别清偿时，应遵守诚实信用原则，不得恶意串通损害他人利益或违反法律强制性规定。
举例说明：
- 假设债务人A欠债权人B和C各100万元，A拥有一笔对D的200万元债权。A与B协商，将A对D的100万元债权转让给B，以清偿A对B的债务。如果该债权转让合法有效，且A未进入破产程序或未违反其他法律强制性规定，那么该个别清偿是有效的。
- 反之，如果A已进入破产程序，且该个别清偿发生在破产申请受理前六个月内，且未使债务人财产受益，那么管理人有权请求人民法院撤销该个别清偿。
总结与建议：
债务人以债权转让方式个别清偿的有效性需根据具体情况判断。在进行此类操作时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导，确保操作的合法性和有效性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。