结论前置：企业有官司已经判决了，通常不可以直接注销，需待所有法律事务处理完毕后方可依法申请注销。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律程序角度

公司注销是一个涉及债权债务清理、法律责任承担等重要法律问题的行政程序。在面临法律纠纷或官司时，公司必须经过严格的清算流程，包括清理公司的债权债务、通知债权人申报债权等关键步骤。如果公司在尚有未了结的法律纠纷或官司的情况下强行注销，将严重损害债权人的利益。例如，在合同纠纷中，若公司注销，胜诉方可能因公司主体的消失而无法获得应有的赔偿，导致债权无法实现。

二、法律规定角度

根据相关法律规定，公司在存在未决诉讼的情况下进行注销是违法违规的行为。这种违规行为一旦被发现，相关责任人员可能需要对公司的债务承担连带责任或其他相应的法律责任。因此，为了避免不必要的法律风险和经济损失，公司在有官司时不得擅自进行注销。

三、实际操作角度

虽然公司有官司时不能直接注销，但并不意味着公司最终无法注销。如果公司与对方达成和解，或者通过法院判决、裁定等方式妥善解决了官司涉及的债务、纠纷等问题，并完成了合法的清算程序后，是可以依法向相关部门提出注销申请的。换句话说，只有在公司涉及的债权债务关系得到妥善处理，确保没有其他未尽事宜后，才可以进行注销操作。

四、特殊情况考虑

在某些特殊情况下，如公司已经资不抵债且无法通过和解或判决解决债务问题，公司可能面临破产清算。在破产清算程序中，公司的注销将作为清算的最终结果之一，但这也需要在法院的监督下进行，并确保所有债权人的利益得到妥善处理。

法律建议：

1. 先解决官司问题：对于有官司的公司而言，正确的做法是先解决官司问题，待所有法律事务处理完毕后，再进行注销操作。
2. 咨询专业律师：在处理公司注销和法律纠纷时，建议咨询专业律师，以确保所有法律程序得到妥善处理，避免不必要的法律风险和经济损失。
3. 保留相关证据：在处理公司注销和法律纠纷过程中，应保留所有相关证据和文件，以备不时之需。

可能法律后果：

如果公司在有官司的情况下擅自注销，可能面临以下法律后果：

1. 债权人追偿：债权人可能通过法律途径追偿债务，甚至对公司原股东或责任人员提起诉讼。
2. 行政处罚：相关监管部门可能对公司进行行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
3. 刑事责任：在严重情况下，相关责任人员可能因违法违规行为承担刑事责任。

因此，企业在面临官司时，应谨慎处理注销事宜，确保所有法律事务得到妥善处理后再进行注销操作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。