结论：合同专用章盖在结算单上，在一般情况下是有效的，但具体效力需结合实际情况和相关法律法规进行综合判断。
一般情况下有效
合同专用章的法律意义：
- 合同专用章是专门用于签订合同的印章，它代表了企业对合同内容的认可和愿意受其约束的真实意思表示。虽然结算单并非严格意义上的合同，但它是基于合同履行而产生的交易往来的清算确认文件，加盖合同专用章能够表明企业对结算内容的认可。
法律效力依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。结算单作为双方交易往来的清算文件，加盖合同专用章可以视为双方对结算内容达成一致的一种确认方式，具有法律效力。
符合行业习惯或双方约定：
- 在商业实践中，如果双方在之前的合同或交易习惯中明确约定或认可结算单上可以使用合同专用章，那么这种情况下盖合同专用章的结算单通常是有效的。
可能存在无效的特殊情况
越权使用：
- 如果持有合同专用章的人员未经企业授权，擅自加盖合同专用章，且对方当事人知道或者应当知道该人员没有授权的情况，结算单可能不具有法律效力。例如，企业明确规定只有特定人员才能使用合同专用章进行结算确认，但其他员工私自加盖了合同专用章，而合作方对此知情，此时结算单的效力会受到质疑。
内容违法违规：
- 即便结算单加盖了合同专用章，但如果其内容违反了法律法规的强制性规定，如涉及偷税漏税、非法集资等违法内容，该结算单是无效的。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果一方是在受到欺诈、胁迫等违背真实意思的情况下加盖合同专用章的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该结算单。例如，一方以威胁对方企业负责人人身安全的方式，迫使对方在结算单上加盖合同专用章，这种情况下结算单的效力处于可撤销状态。
建议
- 明确约定：双方在合同中明确约定结算单上可使用合同专用章，以避免后续争议。
- 确保权限：确保盖章人员具备相应权限，避免越权使用合同专用章。
- 合法合规：确保结算单的内容合法合规，不违反法律法规的强制性规定。
- 保留证据：在加盖合同专用章时，保留好相关证据，如盖章人员的授权文件、结算单的原件等，以备不时之需。
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