结论：股东在自家运输公司购买运输车辆并自行管理，发生事故时运输公司是否负责任，需根据具体情况判断，主要取决于车辆的所有权归属、股东与公司之间的关系以及事故发生的具体情形。以下从不同角度进行分析：
一、车辆所有权归属的影响
车辆属于公司所有：
- 如果车辆虽然由股东购买，但登记在公司名下，即车辆所有权属于公司，那么股东在管理车辆过程中发生事故，公司作为车辆的所有权人，通常需要承担相应的法律责任。这是因为公司作为法人，对其名下的财产享有所有权，并应承担因该财产产生的法律责任。
车辆属于股东个人所有：
- 如果车辆登记在股东个人名下，即车辆所有权属于股东个人，那么股东在管理车辆过程中发生事故，原则上应由股东个人承担责任。但是，如果股东在管理车辆时是以公司的名义进行，且公司从中受益，那么公司可能因“表见代理”或“职务行为”等法律原则而承担一定的责任。这需要根据具体案情和证据来判断。
二、股东与公司之间的关系
股东作为公司员工或管理人员：
- 如果股东同时是公司的员工或管理人员，且在执行公司职务过程中发生事故，那么公司可能需要承担雇主责任或管理责任。这取决于股东在事故发生时的具体行为是否属于职务行为，以及公司是否对股东的行为存在过错或疏忽。
股东与公司独立关系：
- 如果股东与公司之间保持独立关系，股东并非公司员工或管理人员，且在管理车辆时并非执行公司职务，那么公司通常不需要承担事故责任。但是，如果公司对股东的管理行为存在指示、控制或监督等情形，且这些行为与事故发生存在因果关系，那么公司可能需要承担一定的责任。
三、事故发生的具体情形
事故因股东个人过失导致：
- 如果事故是由于股东个人的过失或故意行为导致的，如酒驾、超速等，那么股东个人应承担主要责任。公司是否承担责任取决于上述车辆所有权归属和股东与公司之间的关系等因素。
事故因车辆本身缺陷导致：
- 如果事故是由于车辆本身存在缺陷或故障导致的，那么车辆的所有权人（无论是公司还是股东个人）可能需要承担产品责任。同时，如果公司作为车辆的管理人或使用人，对车辆缺陷的存在存在过错或疏忽，那么公司也可能需要承担一定的责任。
四、法律建议
明确车辆所有权归属：
- 建议公司在购买或接受股东购买的车辆时，明确车辆的所有权归属，并办理相应的登记手续。这有助于在事故发生时明确责任主体。
规范股东管理行为：
- 如果股东需要管理公司车辆，建议公司制定明确的管理制度和操作规范，并要求股东遵守。同时，公司应对股东的管理行为进行必要的监督和指导，以降低事故风险。
及时咨询专业律师：
- 在事故发生后，建议公司及时咨询专业律师，了解自身的法律责任和义务，并采取相应的法律措施来维护自身权益。
总结：股东在自家运输公司购买运输车辆并自行管理，发生事故时运输公司是否负责任，需根据车辆所有权归属、股东与公司之间的关系以及事故发生的具体情形来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。