结论：公司股东中包含非自然人股东时，减资操作只保留一个自然人股东在法律上是允许的，但需要满足一定的条件并履行相应的法律程序。

分析说明：

1. 法律允许性：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司减资是公司运营过程中的一种常见行为，只要符合法定条件和程序，就是合法的。公司减资并不受股东性质的限制，无论是自然人股东还是非自然人股东（如法人股东），都可以参与减资过程。
   • 在减资过程中，公司需要确保所有股东的权益得到妥善处理，包括非自然人股东。这通常意味着非自然人股东需要同意减资方案，并在相关文件上签字或盖章确认。

2. 减资条件与程序：

   • 编制资产负债表及财产清单：公司决定减资时，必须首先编制资产负债表及财产清单，以清晰展示公司的财务状况。
   • 股东会决议：减资方案需经代表三分之二以上表决权的股东通过，形成有效的股东会决议。这一步骤确保了减资决策的民主性和合法性。
   • 通知与公告债权人：公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。这是为了保护债权人的利益，确保他们有机会在减资前要求公司清偿债务或提供相应的担保。
   • 修改公司章程：减资完成后，公司需要相应修改公司章程中的注册资本条款，以反映新的资本结构。
   • 办理工商变更登记：最后，公司需向工商行政管理部门办理注册资本的变更登记手续，完成减资的法定程序。

3. 特殊考虑：

   • 如果非自然人股东是公司的控股股东或对公司有重大影响，其减资或退出可能会对公司的经营和管理产生重大影响。因此，在减资过程中，需要特别关注非自然人股东的意见和利益，确保减资方案不会损害公司的整体利益和其他股东的权益。
   • 此外，如果公司减资后只保留一个自然人股东，这可能会使公司变为一人有限责任公司。在这种情况下，公司需要特别注意一人有限责任公司的特殊规定，如财务独立、避免人格混同等，以防止因违反规定而承担不必要的法律责任。

行动建议：

• 在进行减资操作前，建议公司详细咨询专业律师或法律机构，确保减资方案符合法定条件和程序，并充分保护所有股东的权益。
• 公司应与非自然人股东进行充分沟通，确保他们理解减资方案的内容和影响，并获得他们的同意和支持。
• 在减资过程中，公司应严格按照法定程序操作，包括编制资产负债表、召开股东会、通知债权人、修改公司章程和办理工商变更登记等。

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