结论：劳务派遣协议中约定支付给员工的公司可以由劳务派遣公司支付，在协议有明确约定且符合法律规定的情况下，这可以视为劳务派遣公司直接支付员工工资的一种方式。但需注意，无论支付方式如何约定，劳务派遣单位作为用人单位，始终负有按时足额支付劳动报酬的法定义务。以下从不同角度详细分析：
一、劳务派遣关系中的工资支付主体
一般情形：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条的规定，劳务派遣单位是用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，包括按月支付劳动报酬。这意味着，在正常情况下，劳务派遣员工的工资应由劳务派遣单位直接支付。
- 在实际操作中，用工单位会根据劳务派遣协议的约定，将包含劳动者工资在内的费用支付给劳务派遣单位。随后，劳务派遣单位按月以货币形式向劳动者发放工资，且不得克扣或无故拖欠。
特殊情况：
- 如果劳务派遣协议中有特别约定，比如用工单位直接将工资支付给劳务派遣公司，再由劳务派遣公司支付给员工，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种支付方式也是合法的。但关键在于，协议中的约定必须明确、具体，且双方均应严格遵守。
二、工资支付方式的合法性分析
协议约定的合法性：
- 劳务派遣协议是劳务派遣单位与用工单位之间就劳务派遣事宜达成的协议，其中可以约定工资支付方式等条款。只要这些条款不违反法律法规的强制性规定，不损害劳动者的合法权益，就是合法的。
- 在本题中，如果劳务派遣协议明确约定由劳务派遣公司支付员工工资，且这种约定得到了双方的认可，那么这种支付方式就是合法的。
劳务派遣单位的法定义务：
- 无论劳务派遣协议如何约定，劳务派遣单位作为用人单位，始终负有按时足额支付劳动报酬的法定义务。如果劳务派遣单位未按时足额支付工资，劳动者有权向其主张权利，要求支付工资及相应赔偿。
三、劳动者权益保障
工资支付问题的处理：
- 如果劳务派遣单位未按时足额发放工资，劳动者应首先尝试与劳务派遣单位协商解决。协商无果时，可以依法向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 在投诉或仲裁过程中，劳动者应提供相关证据，如劳动合同、工资条、银行转账记录等，以证明自己的主张。
法律途径：
- 劳动者在遭遇工资支付问题时，除了投诉和仲裁外，还可以寻求法律援助或咨询专业律师（即向我咨询），以获得更具体的法律帮助和指导。
四、建议与注意事项
对于劳务派遣单位：
- 应严格遵守法律法规和劳务派遣协议的约定，按时足额支付劳动报酬。
- 应建立健全的工资支付制度，确保工资支付的透明度和公正性。
对于用工单位：
- 在签订劳务派遣协议时，应明确工资支付方式等条款，避免产生纠纷。
- 应监督劳务派遣单位按时足额支付工资，确保劳动者的合法权益得到保障。
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解工资支付方式等关键信息。
- 在遭遇工资支付问题时，应及时采取措施维护自己的合法权益。