结论前置：员工在休丧假期间，用人单位扣除其加班工资是不合法的。

法律背景与依据：

根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条的规定，劳动者在法定休假日、婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，员工在休丧假期间，其正常工资应当照发，不受影响。同时，《工资支付暂行规定》第十一条也进一步强调了这一点，规定劳动者在享受年休假、探亲假、婚假、丧假等假期时，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资。

加班费与丧假工资的性质：

加班费是劳动者在正常工作时间之外额外付出劳动所获得的报酬，它是对劳动者额外劳动的补偿。而丧假工资则是劳动者在休丧假期间应得的正常工资报酬，它是基于劳动者与用人单位的劳动关系而产生的。因此，在计算丧假工资时，不应将加班费计入其中；同样，在计算加班费时，也不应将丧假工资作为计算基数。

具体操作与规定：

关于丧假的具体操作，原国家劳动总局、财政部《关于国营企业职工请婚丧假和路程假问题的通知》提供了详细指导。当职工本人结婚或职工的直系亲属（包括父母、配偶和子女）死亡时，单位应根据具体情况批准一至三天的婚丧假。若职工结婚时双方不在一地工作，或职工在外地的直系亲属死亡需要职工本人去外地料理丧事，还可以根据路程远近给予额外的路程假。在这些假期期间，职工的工资应照发，而途中的车船费等则由职工自理。

应对措施与建议：

如果用人单位在员工休丧假期间扣除了其加班工资，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 友好协商：首先尝试与用人单位进行友好协商，指出法律规定并要求单位纠正错误做法，足额支付加班工资。
2. 投诉举报：若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉举报，由劳动监察部门责令用人单位改正并支付相应工资。
3. 劳动仲裁：员工也可以直接申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。在仲裁过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的加班事实以及应得的加班工资数额，如加班申请单、考勤记录、工作成果等。

总结与提醒：

员工在休丧假期间被扣除加班工资是不合法的。员工有权依法享受丧假并在此期间获得正常工资待遇，用人单位不得通过扣工资的方式来限制员工请假或损害员工的合法权益。如果遇到此类问题，员工应积极采取措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。