关于公司吸烟罚款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我为您提供的详细分析：
一、一般情况下，公司吸烟罚款是不合法的
法律层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并没有直接对员工进行罚款的法定权利。这些法律主要强调用人单位应依法支付劳动者劳动报酬，并保障劳动者的合法权益。
- 罚款属于财产罚，是对公民财产权的一种剥夺。根据我国宪法和法律规定，公民的合法财产受法律保护，非经法定程序和法定事由，任何单位和个人不得随意剥夺。公司作为非行政执法机关，一般无权对员工实施罚款行为。
具体法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第九十一条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资，这意味着企业不能随意以罚款形式扣减员工工资。
- 《中华人民共和国行政处罚法》也明确规定了行政处罚的设定和实施必须以事实为依据，且必须公布。企业作为非行政机关，不具备行政处罚权，因此不能对员工进行罚款等行政处罚。
二、特定情形下，公司吸烟罚款可能具有一定合理性
有合法依据的规章制度：
- 如果公司在制定规章制度时，明确规定了禁止在特定区域（如生产车间、仓库等存在火灾安全隐患的区域）吸烟，并规定了相应的违规处罚措施。
- 该规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并向劳动者进行了公示或者告知。
罚款性质与金额的合理性：
- 在这种情况下，员工违反规定在禁止吸烟区域吸烟，公司按照规章制度进行的经济处罚，其性质更倾向于一种违约责任的承担方式，即员工违反了与公司之间的约定，需要承担相应的经济责任。
- 罚款金额应当合理，不应明显超出员工因违规行为给公司造成的损失，或与员工的工资收入严重不相称。
三、员工权益保护与建议
了解公司规章制度：
- 员工应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于吸烟和罚款的相关规定，确保自己的行为符合公司要求。
合理申诉与维权：
- 如果员工认为公司的罚款行为不合理或存在违法行为，可以向公司相关部门提出申诉，要求公司重新审查并作出公正处理。
- 若公司未能给予公正处理或员工认为公司存在违法行为，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
公司应谨慎使用罚款措施：
- 公司应通过制定合理的内部管理规定来规范员工的行为，并在必要时寻求法律途径来维护企业的合法权益。
- 罚款措施应谨慎使用，并确保其合理性和合法性，避免侵犯员工的合法权益。
综上所述，公司对抽烟员工进行罚款在一般情况下是不合法的。但在特定情形下，如果公司规章制度有明确规定且符合相关法律法规要求，对违规抽烟员工进行一定经济处罚可能具有一定理由。然而，无论何种情况，公司都应确保罚款措施的合理性和合法性，并尊重和保护员工的合法权益。