在自家屋顶用花盆种菜，一般情况下并不直接构成违法行为，但具体是否合法需结合多种因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
产权独立房屋：
- 对于个人拥有产权的独立房屋，如农村自建房、独栋别墅等，业主对房顶享有自主使用的权利。在此类情况下，只要种菜行为不损害公共利益和他人合法权益，不违反相关法律法规及小区管理规定，通常是被允许的。这体现了业主对自有空间的合理利用权。
不违反建筑安全：
- 若屋顶结构能够承受花盆及蔬菜的重量，且种植方式不会对屋顶造成损害，那么种菜行为在建筑安全方面通常是可行的。但需注意，种植前应评估屋顶承载能力，避免超重导致安全隐患。
二、可能存在的不合法情况
违反小区管理规约：
- 在城市住宅小区中，业主需遵守小区管理规约。若规约明确禁止屋顶种植或搭建相关设施，则种菜行为将违反规约。虽然规约并非法律，但业主在签署同意后需履行，否则可能面临物业服务企业的处理措施，如要求整改或罚款等。
侵犯他人权益：
- 种菜过程中若导致污水渗漏至楼下邻居家，造成损坏或影响生活，将侵犯邻居的相邻权。根据《中华人民共和国民法典》关于相邻关系的规定，侵权者需承担停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等民事责任。
违反城市规划或其他规定：
- 部分城市对建筑物外观和风貌有统一规划要求。若屋顶种菜搭建的设施不符合规划，影响城市美观和布局，可能违反《城乡规划法》等相关规定，面临整改或处罚。
三、建议与注意事项
了解规定：
- 在决定屋顶种菜前，务必了解当地相关法律法规及小区管理规定，确保行为合法合规。
评估安全：
- 咨询专业人士评估房屋结构安全性，确保种菜不会造成超重等安全问题。同时，选择合适的种植方式和容器，避免对屋顶造成损害。
沟通邻居：
- 与邻居沟通，避免种菜行为对其造成不良影响，如污水渗漏、噪音干扰等。维护和谐的邻里关系是避免法律纠纷的重要一环。
申请许可：
- 若需搭建设施进行种植，应事先申请并获得相关许可，确保符合城市规划要求。未经许可擅自搭建可能面临拆除和处罚的风险。
总结来说，屋顶用花盆种菜是否违法需根据具体情况判断。在确保不违反法律法规、小区管理规约且不侵犯他人权益的前提下，业主可以合理利用屋顶空间进行种植活动。但如有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。