若公司主管发出的警告信内容与事实不符，您可以通过以下步骤处理，以维护自身合法权益：

1. 核实警告信内容，收集证据
   首先，仔细核对警告信中提及的具体事项，明确哪些内容与事实不符。例如，若警告信称您存在“旷工”行为，但您能提供考勤记录、请假审批单等证明您正常出勤的证据，则可证明该指控不实。
   建议：将所有相关证据（如邮件、聊天记录、工作记录、证人证言等）整理成书面材料，并标注时间、地点、事件经过，确保证据链完整。

2. 与公司内部沟通，提出书面异议
   根据《劳动合同法》及相关公司规章制度，员工有权对不实警告提出异议。您可向主管或人力资源部门提交书面说明，附上证据材料，要求撤销或修正警告信。
   注意：沟通时保持冷静，避免情绪化表达，重点陈述事实与证据，并明确要求公司给予书面回复。若公司拒绝撤销，可要求其说明理由。

3. 申请劳动仲裁（若公司未处理或处理不当）
   若公司未在合理期限内回应，或坚持维持不实警告，您可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司行为侵犯您的合法权益（如名誉权、劳动权益等）。
   法律依据：根据《劳动争议调解仲裁法》，因确认劳动关系、订立/履行/变更/解除/终止劳动合同等发生的争议，均可申请仲裁。不实警告可能影响您的职业声誉或晋升机会，属于劳动争议范畴。

4. 考虑法律诉讼（若造成严重损害）
   若不实警告导致您被降职、降薪、解雇或名誉受损，您可向法院提起诉讼，要求公司承担侵权责任（如赔偿损失、恢复名誉等）。
   提示：诉讼需证明公司行为存在过错（如故意捏造事实）、您遭受实际损害（如经济损失、精神损害），且两者存在因果关系。建议提前咨询律师评估案件可行性。

预防建议：

• 日常工作中注意保留关键证据（如工作成果、沟通记录、审批流程等），避免口头约定；
  
• 熟悉公司规章制度，确保自身行为符合规范，减少被无端指责的风险；
  
• 若收到警告信，第一时间咨询律师，制定应对策略，避免错过维权时效。
  

如有进一步疑问或需协助处理具体案件，可直接向我提问，我将结合您的实际情况提供详细解答。