结论概述：房屋鉴定结果出来后，是否应全部承担鉴定费用，并非仅取决于是否扣除了修缮费用，而是需综合考虑鉴定原因、合同约定及法律规定等多方面因素。以下是对此问题的详细分析：

1. 鉴定原因与费用承担：

   • 若鉴定因房屋存在质量问题且需修缮而起：在此情况下，如果鉴定结果显示房屋确实存在质量问题，且修缮费用被扣除，那么鉴定费用通常应由责任方（如开发商或卖方）承担。这是因为鉴定是为了确定房屋质量状况，以便进行修缮或索赔，是责任方应尽的义务之一。
   • 若鉴定因买方或使用方怀疑房屋质量而起：如果买方或使用方在无充分理由的情况下怀疑房屋质量，并要求进行鉴定，且鉴定结果显示房屋质量符合标准，那么鉴定费用通常应由买方或使用方自行承担。这是因为鉴定是其主动要求的行为，且结果并未证明其怀疑的合理性。

2. 合同约定与费用承担：

   • 合同中有明确约定：如果房屋买卖合同或租赁合同中明确约定了鉴定费用的承担方式，那么应按照合同约定执行。合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力，双方应严格遵守。
   • 合同中无明确约定：如果合同中没有明确约定鉴定费用的承担方式，那么应根据上述鉴定原因及公平原则进行判断。在双方无法协商一致的情况下，可以寻求法律途径解决争议。

3. 法律规定与费用承担：

   • 一般原则：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，民事活动应当遵循公平、诚实信用的原则。在鉴定费用承担问题上，也应遵循这一原则，根据实际情况合理分配费用。
   • 特殊情况：如果鉴定结果涉及房屋安全等重大问题，且需要政府或相关部门介入处理，那么鉴定费用可能由政府或相关部门承担或部分承担。这取决于具体法律法规的规定和实际情况。

法律建议：

• 在进行房屋鉴定前，建议双方先协商确定鉴定费用的承担方式，并在合同中明确约定。这有助于避免后续争议和纠纷。
• 如果鉴定结果出来后双方对费用承担存在争议，建议先通过协商或调解解决。如果无法协商一致，可以寻求法律途径解决争议，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

可能后果：

• 如果鉴定费用承担问题无法得到妥善解决，可能会导致双方关系紧张甚至破裂，影响房屋的正常使用或交易。
• 在法律途径解决争议的过程中，双方可能需要承担额外的诉讼费用或仲裁费用等成本。因此，建议双方在处理此类问题时保持冷静和理性，尽量通过协商或调解解决争议。