针对您提出的问题，更换法定代表人不符合内部决策程序但已经变更登记，这通常涉及的是行政诉讼而非民事诉讼。以下是我从不同角度为您进行的分析：

1. 行政诉讼的角度：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关行政法规，公司法定代表人的变更需要遵循一定的内部决策程序，如股东会或董事会的决议等。若变更登记不符合这些内部决策程序，可能构成违法变更。
   • 行政行为性质：公司登记机关（如市场监督管理局）的变更登记行为属于行政行为。若该行政行为违法或不当，如未依法审查变更登记的合法性，相关利害关系人（如原法定代表人、股东等）可以提起行政诉讼，请求法院撤销该变更登记。
   • 诉讼目的：在行政诉讼中，原告通常旨在撤销违法的行政行为，恢复原状或确认行政行为的无效。

2. 民事诉讼的局限性：

   • 民事纠纷性质：民事诉讼主要解决平等主体之间的财产关系和人身关系纠纷。虽然法定代表人变更可能涉及公司内部治理和股东权益，但直接针对变更登记行为的诉讼通常不属于民事诉讼范畴。
   • 诉讼对象：在民事诉讼中，原告通常起诉的是另一方民事主体（如公司、股东等），而非行政机关。因此，若要挑战变更登记的合法性，民事诉讼不是直接途径。

3. 实际操作建议：

   • 收集证据：首先，应收集相关证据证明变更登记不符合内部决策程序，如股东会或董事会决议、公司章程等。
   • 咨询律师：在提起诉讼前，建议咨询专业律师，评估案件的可行性和胜诉率，以及选择合适的诉讼策略。
   • 提起行政诉讼：若证据充分且符合行政诉讼的受理条件，可以向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，请求撤销违法的变更登记。

可能面临的法律后果：

• 若法院认定变更登记违法，可能会判决撤销该变更登记，恢复原法定代表人的登记状态。
• 若因违法变更登记给相关利害关系人造成损失，违法变更登记的责任方（如公司、实际控制人等）可能需要承担赔偿责任。

进一步思考：

• 在处理此类纠纷时，除了关注变更登记的合法性外，还应考虑公司内部治理结构的完善性和股东权益的保护。
• 若变更登记背后存在更复杂的法律关系或利益纠葛（如股权转让、公司控制权争夺等），可能需要综合运用多种法律手段进行解决。

希望以上分析能对您有所帮助。若您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。