公司制订处罚规章制度是否合法，需根据具体情况判断，关键在于是否有法律依据、是否遵循了合法的制定程序以及是否进行了公示告知。在特定情况下，基于合同约定的赔偿性质扣款可能被视为合法。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
缺乏法律依据：
- 罚款在一定意义上属于行政处罚权的范畴，依据《中华人民共和国行政处罚法》，行政处罚权由具有行政处罚权的行政机关实施。公司并非行政机关，不具备行政处罚的主体资格。因此，若公司直接依据自身规章制度对员工进行罚款，且没有相关法律赋予其罚款权力，该罚款行为通常是不合法的。
规章制度制定程序不合法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。若公司的罚款制度未经此民主程序制定，则该制度本身不具有合法性，基于此进行的罚款也是不合法的。
规章制度未公示告知：
- 同样依据《劳动合同法》，用人单位应将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示或告知劳动者。若公司仅内部发布罚款制度文件而未通过合适方式让员工知晓，则不能依据该制度对员工进行罚款。
二、可能合法的情况
基于合同约定：
- 若劳动合同中有明确约定，在员工出现特定违约行为时，公司有权要求员工承担一定的赔偿责任，这种赔偿性质的约定在一定程度上可能被视为合法。但需注意，扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。例如，劳动合同中可以约定，因员工故意或重大过失给公司造成经济损失的，员工需按损失的一定比例进行赔偿。
合法的赔偿性扣款：
- 员工在工作过程中因自身过错给公司造成实际经济损失时，公司可以要求员工赔偿该损失。例如，员工违反操作规程导致设备损坏，公司可要求员工赔偿设备维修费用等实际损失。但公司需提供充分证据证明损失的存在及与员工行为的因果关系。同时，赔偿金额应合理，不得过高以至于显失公平或违反法律规定。
三、综合建议
合法性审查：
- 公司在制定处罚规章制度时，应首先进行合法性审查，确保制度内容不违反国家法律法规的强制性规定。
民主程序与公示告知：
- 规章制度应经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示告知，确保员工知晓并理解其内容。
合理性与适度性：
- 处罚措施应合理、适度，与员工的过错程度相适应，避免过度惩罚。同时，应考虑员工的经济承受能力，避免造成过大的经济负担。
证据收集与程序保障：
- 在实施处罚前，公司应充分收集员工违规的证据，并确保处理过程符合法定程序，给予员工陈述和申辩的机会。
法律风险防范：
- 公司应避免将罚款作为常规管理手段，以免引发劳动争议和法律风险。对于员工的违规行为，应采取教育、培训、警告等其他管理措施。
总结来说，公司制订处罚规章制度的合法性需综合考虑多个因素。公司在制定和执行此类制度时，应严格遵守相关法律法规，确保制度的合法性和有效性。同时，员工也应了解自身权益，对于不合法的处罚行为，有权采取相应措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。