结论：员工旷工自离虽属违反用人单位规章制度的行为，但公司仍有义务为其出具离职证明。若公司拒绝开具，员工可通过合法途径维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律基础与公司义务
根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条的规定，用人单位在解除或终止劳动合同时，必须出具解除或终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。这一规定是用人单位的法定义务，不因劳动者是否旷工或自动离职而改变。因此，无论员工因何种原因离职，包括旷工自离，公司都有义务出具离职证明。
二、离职证明的重要性
离职证明是用人单位与劳动者解除劳动关系的书面证明，具有多重作用：
- 证明劳动关系解除：离职证明能够明确证明员工已经与原单位解除劳动合同关系，避免未来可能出现的劳动纠纷。
- 新雇主背调：在新雇主进行背调时，离职证明是确认员工上一段工作经历真实性的重要依据。
- 办理失业登记：离职证明也是员工办理失业登记、享受失业保险待遇的必要材料。
三、公司拒绝开具离职证明的处理方式
若公司拒绝为旷工自离的员工开具离职证明，员工可以采取以下措施来维护自己的权益：
与公司协商：
- 员工可以尝试与原用人单位进行沟通，说明情况并请求开具离职证明或类似的解除劳动合同关系的文件。这需要员工展现出诚意和解决问题的态度。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉。投诉前需准备好相关材料，如劳动合同、工资支付记录、考勤记录等能证明劳动关系存在的证据。劳动监察部门将对公司进行调查，并要求其作出说明。如发现违法行为，将责令公司限期改正。
申请劳动仲裁：
- 若投诉仍未能解决问题，员工可在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内，向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁申请书需载明双方基本信息、仲裁请求、事实理由及证据等。仲裁委员会将按照法定程序进行立案受理、开庭审理，并最终作出裁决。如裁决支持员工请求，公司将需开具离职证明。
提起诉讼：
- 如对劳动仲裁结果不满意，员工可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。提交起诉状时需附有相关证据材料。人民法院将对案件进行审查、立案受理，并按照法定程序进行开庭审理。最终，法院将根据审理查明的事实依法作出判决。如判决公司开具离职证明而公司仍不履行，员工可申请强制执行。
四、注意事项
- 保留证据：在整个过程中，员工要注意保留好相关证据（如劳动合同、工资单、考勤记录等），以便更好地证明自己的主张。
- 及时行动：一旦发现公司拒绝开具离职证明，员工应及时采取行动，避免超过法律规定的时效期限。
总结与建议：面对公司拒绝开具离职证明的情况，员工应保持冷静并采取适当的措施来维护自己的权益。在整个过程中，要遵循法律程序，保留好相关证据，并寻求专业律师（即我本人）的帮助以获取更具体的法律建议和支持。