结论：民间借贷中，不计算已还款直接判还10万是否合法，需根据具体情况判断。若法院未依法扣除已还款项，可能构成程序违法或实体处理不当；若已还款事实未被认定（如证据不足），则判决可能合法但需通过上诉或再审救济。以下从法律程序、实体处理、救济途径三方面详细分析：

一、法律程序角度：法院是否必须扣除已还款？

根据《民法典》第六百七十五条及《民事诉讼法》相关规定，民间借贷纠纷中，法院审理的核心是“实际应还款金额”，即借款本金+合法利息-已还款。若原告主张被告偿还10万，但被告能提供证据证明已归还部分款项（如转账记录、收条等），法院必须依法扣除已还款，并判决被告偿还剩余金额。
例外情形：若被告未提出已还款的抗辩，或未提供有效证据（如超过举证期限、证据真实性存疑），法院可能根据原告主张的金额直接判决。此时判决虽形式合法，但若被告确有还款事实，可通过后续程序救济。

二、实体处理角度：判决10万是否合理？

1. 若已还款事实成立但未扣除：
   例如，被告实际借款10万，已还3万，但法院未扣除直接判还10万。此时判决实体违法，因违反《民法典》中“债务清偿”的基本原则（债务人仅需偿还剩余债务）。被告可依据《民事诉讼法》第二百零七条（原判决、裁定认定事实错误）申请再审。

2. 若已还款事实未被认定：
   例如，被告主张已还3万，但提供的转账记录显示收款方非原告，或收条真实性存疑。此时法院可能因证据不足未采纳被告主张，判决偿还10万。判决本身合法，但被告若能补充证据（如证明转账系受原告指示），仍可通过上诉或再审推翻原判。

三、救济途径：对判决不服怎么办？

1. 上诉：若判决已生效但未超过上诉期（15日），被告可向上一级法院提起上诉，主张扣除已还款并提交新证据。
   
2. 申请再审：若判决已生效且超过上诉期，被告可向原审法院或上一级法院申请再审，需符合《民事诉讼法》第二百零七条情形之一（如新证据、主要证据伪造、适用法律错误等）。
   
3. 执行异议：若判决已进入执行阶段，被告可提出执行异议，主张法院未扣除已还款导致执行标的错误，要求中止执行或调整金额。

实务建议

1. 被告方：若被起诉，务必在答辩期内提出“已还款”抗辩，并提交转账记录、收条、聊天记录等证据；若判决不利，及时通过上诉或再审救济。
   
2. 原告方：起诉时应如实陈述被告还款情况，避免因隐瞒事实被法院驳回或承担诉讼风险；若被告主张已还款，需积极质证（如证明还款与本案无关）。

总结：民间借贷判决是否合法，关键在于法院是否依法扣除已还款。若您遇到类似情况，建议携带判决书、还款证据等材料直接向我咨询，我将结合具体案情分析救济路径。