申请保全两个主体时，保函费是否按两份收取需分情况讨论，具体如下：

1. 若两个保全主体属于同一法律关系或同一案件中的不同被申请人
   例如：原告起诉A公司和B公司共同侵权，申请对两公司的财产同时保全。此时，保函费通常按一份收取，但需满足以下条件：

   • 保函的担保范围覆盖两个被保全主体（如保函中明确写明“担保A公司和B公司的财产保全”）；
     
   • 保险公司或担保机构同意以一份保函覆盖多个主体（部分机构可能要求额外加收费用，但非“两份”标准）。
     法律依据：根据《诉讼费用交纳办法》及司法实践，保函费属于诉讼担保费用，其收取需与担保风险匹配。若两个主体风险无显著差异，通常无需重复收费。

2. 若两个保全主体属于不同法律关系或独立案件
   例如：原告同时起诉A公司合同纠纷和B公司侵权纠纷，需分别申请保全。此时，保函费需按两份收取，原因如下：

   • 不同案件需独立立案、独立审查保全申请，保险公司需分别评估风险并出具保函；
     
   • 保函的担保责任独立，若A公司案件败诉，B公司保函不受影响，故需分别支付费用。
     实务提示：部分法院可能允许合并立案（如关联案件），此时可尝试与法院沟通，争取按一份保函处理。

3. 特殊情形：同一案件中保全不同类型财产（如公司财产+股东个人财产）
   若保全对象虽涉及多个主体，但属于同一被保全人（如保全A公司及其股东的财产），通常按一份保函收费，但需注意：

   • 需明确保函中列明所有被保全财产类型及归属主体；
     
   • 若股东财产与公司财产风险差异较大（如股东个人债务纠纷），保险公司可能要求提高保费。

建议行动：

• 申请保全前，向保险公司或担保机构明确说明保全主体数量及关系，要求出具书面费用说明；
  
• 若认为收费不合理，可要求法院协调或选择其他担保方式（如现金担保、房产担保）；
  
• 如有疑问，可直接向我咨询具体案件情况，我会结合地域司法实践进一步分析。