结论：在运输公司已经赔偿工伤后，驾驶员是否还可以单独要求车主再次赔付，这主要取决于赔偿的性质、范围以及车主与运输公司之间的法律关系。以下从不同角度进行分析：
工伤赔偿与民事赔偿的区分：
- 工伤赔偿：通常是由用人单位（在此为运输公司）根据工伤保险条例及相关法律法规，向受伤员工（驾驶员）支付的赔偿。这种赔偿是基于劳动关系而产生的，旨在保障员工在因工作受伤时能够获得相应的医疗、康复和经济补偿。
- 民事赔偿：如果车主与驾驶员之间存在独立的民事法律关系（如雇佣关系、承揽关系等），且驾驶员的受伤是由于车主的过错或违约行为导致的，那么驾驶员有权根据民法典等相关法律法规，向车主主张民事赔偿。
赔偿范围的重合与补充：
- 重合部分：如果工伤赔偿和民事赔偿的范围存在重合（如医疗费、误工费等），驾驶员通常不能就同一损失获得双重赔偿。这是因为法律旨在避免受害人因同一损害而获得不当利益。
- 补充部分：如果民事赔偿的范围超出了工伤赔偿的范围（如精神损害抚慰金、特定情况下的营养费等），或者工伤赔偿未能完全覆盖驾驶员的实际损失，驾驶员有权就超出部分或未覆盖部分向车主主张赔偿。
车主与运输公司的法律关系：
- 内部关系：如果车主是运输公司的员工或股东，且其驾驶行为属于职务行为，那么车主通常不直接对驾驶员的受伤承担民事赔偿责任。此时，驾驶员应向运输公司主张工伤赔偿。
- 外部关系：如果车主与运输公司之间存在独立的合同关系（如租赁、挂靠等），且驾驶员的受伤与车主的过错或违约行为有关，那么驾驶员有权根据合同约定或法律规定向车主主张赔偿。
特殊情况下的双重赔偿：
- 在某些特殊情况下，如第三人侵权导致工伤，驾驶员可能同时享有工伤保险待遇和向第三人主张民事赔偿的权利。但这种情况并不适用于车主与驾驶员之间的赔偿关系，除非车主同时构成了第三人侵权。
建议：
- 驾驶员应首先明确自己与运输公司、车主之间的法律关系，以及受伤的具体原因和性质。
- 根据实际情况，选择向运输公司主张工伤赔偿或向车主主张民事赔偿（或两者同时主张，但需注意赔偿范围的重合与补充）。
- 在主张赔偿时，应收集并保留相关证据（如医疗记录、工伤认定书、事故责任认定书等），以便在需要时提供证明。
法律后果：
- 如果驾驶员未经合理判断而盲目主张双重赔偿，可能会面临法律上的不利后果（如被驳回诉讼请求、承担诉讼费用等）。
- 如果车主或运输公司拒绝赔偿或赔偿不足，驾驶员可以通过法律途径（如诉讼、仲裁等）来维护自己的合法权益。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。