结论：检察院不起诉后，案底不会自动清除，但可通过特定程序申请封存或出具无犯罪记录证明，具体需分情况处理。以下是详细说明：

1. “案底”的法律性质与处理原则

• 案底的定义：在法律语境中，“案底”通常指犯罪记录，即经法院判决有罪后形成的刑事犯罪档案。若检察院作出不起诉决定（如法定不起诉、酌定不起诉、存疑不起诉），意味着案件未进入审判阶段，严格来说不构成“犯罪记录”，但相关侦查、审查起诉阶段的记录仍会留存于司法档案中。
• 处理原则：根据《刑事诉讼法》第12条及第177条，不起诉决定本质是“终止刑事诉讼程序”，但司法机关内部仍会保留案件材料作为工作档案，不会自动销毁或清除。

2. 不同类型不起诉的案底处理方式

• （1）法定不起诉（绝对不起诉）
  • 适用情形：如犯罪已过追诉时效、经特赦令免除刑罚、犯罪嫌疑人死亡等。
  • 处理方式：因案件本身不符合起诉条件，司法机关内部记录对个人影响较小。若需证明无犯罪记录，可向公安机关申请出具《无犯罪记录证明》，公安机关应依据不起诉决定书出具。
• （2）酌定不起诉（相对不起诉）
  • 适用情形：犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚（如未成年人犯罪、初犯、偶犯等）。
  • 处理方式：虽未定罪，但司法机关可能认为行为具有社会危害性，记录可能影响政审、就业等。此时可依据《刑事诉讼法》第286条（未成年人犯罪记录封存制度）申请封存，或通过行政复议、诉讼等途径要求公安机关限制公开记录。
• （3）存疑不起诉（证据不足不起诉）
  • 适用情形：证据不足，不符合起诉条件。
  • 处理方式：若后续发现新证据，案件可能重新启动。记录保留期间，个人可通过不起诉决定书证明未被定罪，但完全清除记录需依赖司法机关内部管理政策。

3. 申请清除或封存记录的具体途径

• （1）申请出具《无犯罪记录证明》
  • 流程：向户籍地或居住地公安机关提交身份证、不起诉决定书等材料，申请出具证明。公安机关应依据《公安机关办理犯罪记录查询工作规定》第4条，对未被法院判决有罪的人员出具无犯罪记录证明。
• （2）申请犯罪记录封存（仅限未成年人）
  • 流程：依据《刑事诉讼法》第286条，未成年人被酌定不起诉的，检察院应同时作出封存决定，并通知公安机关。若公安机关未封存，可向检察院申诉，由检察院督促执行。
• （3）行政复议或诉讼
  • 适用情形：若公安机关拒绝出具证明或违法公开记录，可向上级公安机关申请行政复议，或直接提起行政诉讼，要求确认公安机关行为违法并责令改正。

4. 注意事项与建议

• 记录保留期限：司法机关内部记录通常长期保存，但非公开查询范围有限，仅特定单位（如公检法、国家安全机关）在办案时可查阅。
• 社会信用影响：部分行业（如金融、教育）可能要求提供“无违法犯罪记录证明”，此时需结合不起诉类型与用人单位要求沟通。
• 法律文书保管：务必妥善保存不起诉决定书，这是证明未被定罪的关键证据。

总结：检察院不起诉后，案底不会自动清除，但可通过申请无犯罪记录证明、封存记录（未成年人）或行政救济途径限制记录影响。具体操作需结合不起诉类型及案件细节，如有疑问可进一步向我咨询。