企业主要负责人被纪委留置期间，行政处罚的执行需分情况讨论，具体如下：

1. 留置与行政处罚的独立性
   纪委留置是监察机关对涉嫌职务违法或犯罪的公职人员采取的强制措施，属于监察调查程序；而行政处罚是行政机关对违反行政管理秩序的公民、法人或其他组织作出的制裁，属于行政执法程序。两者性质不同，留置本身不直接导致行政处罚，但留置期间发现的违法行为可能触发行政处罚程序。

2. 留置期间行政处罚的执行规则

   • 若行政处罚需被处罚人亲自履行（如罚款、没收违法所得）：
     根据《行政处罚法》及相关规定，若被处罚人被留置导致无法亲自履行，行政机关可依法中止执行，待留置措施解除后恢复执行。若留置期间发现被处罚人存在转移财产等逃避执行行为，行政机关可申请法院强制执行。
     
   • 若行政处罚涉及资格限制（如吊销许可证、责令停产停业）：
     此类处罚可直接对单位作出，无需被处罚人亲自履行。例如，企业主要负责人被留置期间，若企业存在违法行为，行政机关仍可依法对企业作出吊销营业执照等处罚。
     
   • 若行政处罚与留置涉及的职务违法/犯罪相关：
     若监察机关调查发现被留置人存在行政违法行为（如贪污受贿外的其他违规行为），可能将线索移送行政机关，由行政机关独立作出处罚决定。处罚执行仍遵循上述规则。

3. 留置解除后的处理

   • 若留置后未移送司法机关（即未认定犯罪），行政机关可恢复执行行政处罚，被处罚人需履行义务（如缴纳罚款）。
     
   • 若留置后移送司法机关且被判处刑罚，行政处罚与刑事处罚可能合并执行。例如，罚款可折抵罚金，但行政拘留与刑期不折抵。

4. 特殊情形：单位直接责任人员的认定
   若企业主要负责人被留置期间，行政处罚需追究单位直接责任人员，行政机关可依法对其他责任人员（如分管副总、部门负责人）作出处罚，无需等待留置结果。

建议：若企业或相关人员涉及此类情形，需结合具体违法行为、留置原因及行政处罚类型综合判断。如有疑问，可直接向我咨询，我会根据案件细节提供进一步分析。