公司放假扣加班工资是否合法，需视具体情况而定。以下是对不同情况下的详细分析：
一、法定节假日及带薪假期扣加班工资不合法
法定节假日：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日（如新年、春节、清明节等）期间，即便未实际工作，用人单位也应依法支付工资。若公司在法定节假日安排放假，却扣除加班工资，这是违法的。因为法定节假日是带薪的，劳动者有权获得全额工资，包括加班工资（如果之前有加班且应支付加班工资的话）。
带薪假期：
- 如年休假、探亲假、婚丧假、产假等，根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，劳动者在享受这些假期期间，应享受与正常工作期间相同的工资收入。因此，公司若在这些假期期间扣除加班工资，同样是不合法的。
二、非因劳动者原因停工、停产期间扣加班工资需谨慎
- 根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产的，在一个工资支付周期内，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付的工资不得低于当地最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理，如支付生活费等。但在此期间，若之前有加班且应支付加班工资，公司不得无故扣除。
三、公司自主安排的放假及事假扣加班工资需协商并遵守法律
公司自主安排的放假：
- 若公司因经营需要安排员工放假，并与员工就放假期间工资的支付方式达成一致（如适当降低工资标准，但不得低于最低工资标准，且不影响之前加班工资的支付），且不违反法律强制性规定，则该行为合法。但未经协商一致擅自扣减加班工资则属违法。
事假：
- 对于事假等其他非法定假期，公司可根据内部规章制度合理扣减工资，但扣减后的工资不得低于当地最低工资标准，且不影响之前加班工资的支付。若公司以事假为由扣除加班工资，这是不合法的。
四、维权途径
- 沟通协商：首先与公司进行沟通，要求说明扣加班工资的理由并提供规章制度依据。
- 举报投诉：若沟通无果，可向当地劳动监察行政部门举报，要求其介入调查并纠正违法行为。
- 法律救济：若问题仍未解决，可申请劳动仲裁或提起劳动诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
实际案例与操作建议：
- 实际案例：在实际操作中，曾有公司因经营不善安排员工放假，却以各种理由扣除加班工资。经劳动仲裁委员会审理后，裁定公司应补发员工的加班工资。
- 操作建议：劳动者在遇到公司放假扣加班工资的情况时，应首先了解自己的权益和法律法规的规定。与公司沟通时，要求公司提供合理的解释和规章制度依据。若公司无法提供或解释不合理，劳动者应及时收集证据并向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，公司放假扣加班工资的合法性取决于具体假期类型、公司内部规章制度以及法律法规的规定。劳动者应了解自身权益，并在必要时采取合适措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。