核心结论：开公司车超载被扣6分、罚款200元，若需通过手机处理，通常需通过“交管12123”APP完成，但需注意扣分无法直接消除，罚款可在线缴纳；若对处罚有异议，需通过法定程序申诉，无法通过手机直接处理。以下是具体分析：
一、若接受处罚，仅需缴纳罚款（扣分已记录，无法通过手机消除）
处理流程：
- 下载并登录“交管12123”APP（需绑定驾驶证和车辆信息）；
- 在首页点击“违法处理”，选择对应车辆及未处理的违法记录；
- 确认违法信息（超载、扣6分、罚款200元）后，点击“处理并缴款”；
- 选择支付方式（微信、支付宝等）完成罚款缴纳。
注意事项：
- 扣分已由交警现场记录或电子监控抓拍并审核通过，无法通过手机操作消除，需在记分周期结束前（12个月）谨慎驾驶，避免再次扣分导致满分学习；
- 罚款缴纳后，违法记录状态会更新为“已处理”，但扣分记录仍保留在驾驶证上。
二、若对处罚有异议（如认为超载认定错误、程序违法等），需通过法定程序申诉
申诉途径：
- 现场申诉：携带驾驶证、行驶证、处罚决定书等材料，到作出处罚的交警大队或车管所提出复核申请；
- 线上申诉：部分地区支持通过“交管12123”APP的“违法处理撤销申请”功能提交异议（需上传证据材料，如车辆过磅单、现场照片等），但成功率较低，建议优先现场处理。
关键证据：
- 若认为超载认定错误，需提供车辆核定载质量证明、实际载货量证据（如过磅单）；
- 若认为程序违法（如未告知权利、未出示证件等），需提供现场录音、录像或证人证言。
申诉结果：
- 若申诉成功，处罚会被撤销，扣分和罚款记录消除；
- 若申诉失败，需在15日内缴纳罚款，否则可能产生滞纳金（每日3%，最高不超过罚款本金）。
三、特殊情况：公司车辆处理需注意
- 公司名义处理：若车辆登记在公司名下，需由公司指定人员（如安全管理员）通过“交管12123”企业版处理，或携带公司营业执照、委托书等材料到交警部门处理；
- 责任划分：超载行为可能同时涉及驾驶员和公司的责任（如公司未尽到安全管理义务），若公司因此被处罚，需另行处理。
温馨提示：超载不仅违反《道路交通安全法》，还可能因车辆制动性能下降、重心偏移等引发交通事故，建议严格遵守载重规定，确保行车安全。若有其他疑问，可直接向我咨询。