超速罚款1000元、扣6分的处罚，在手机上可以通过交管12123APP进行处理，但需注意不能直接处理，需先前往交警部门获取处理结果并打印通知单。具体处理步骤如下：

一. 确认处罚通知的真实性

• 首先，确保收到的处罚通知是真实有效的。可以通过交管12123APP或交警部门的官方网站查询确认，避免遭受诈骗或误导。

二. 前往交警部门获取处理结果并打印通知单

• 由于扣分达到6分，不能直接通过手机APP处理。需要前往当地交警部门的服务窗口，获取超速违章的处理结果，并打印出违法行为的通知单。

三. 使用交管12123APP进行后续处理

1. 下载并登录交管12123APP

   • 在手机应用商店下载交管12123APP，并按照提示完成注册和登录。

2. 选择违法处理选项

   • 登录后，在APP首页找到并点击“违法处理”选项。

3. 选择并处理超速违章记录

   • 在违法处理页面，选择对应的超速违章记录，确认违法信息及罚款金额无误。

4. 缴纳罚款

   • 按照系统提示，选择合适的支付方式（如支付宝、微信、银联等）完成罚款缴纳。

注意事项：

• 及时处理：为了避免产生滞纳金或其他法律后果，建议在收到处罚通知后尽快处理。
• 信息准确性：在处理过程中，确保输入的车辆信息和驾驶证信息准确无误，以免影响处理结果。
• 法律后果：超速行驶不仅面临罚款和扣分，还可能危及自身及他人的生命安全。驾驶员应严格遵守交通规则，文明驾驶。

总结：虽然超速罚款1000元、扣6分的处罚在手机上可以通过交管12123APP进行处理，但需要先前往交警部门获取处理结果并打印通知单。处理过程中，请务必确保信息的准确性，并及时缴纳罚款。如有进一步需要，您可以继续咨询我。