公司对货车师傅超速扣6分的处理方式需结合内部规章制度、劳动合同约定及法律法规综合判断，常见处理方式如下：

1. 内部纪律处分
   根据《道路交通安全法》及公司《车辆管理制度》，超速属于严重违反交通规则的行为。公司可依据内部规定对司机进行警告、罚款、扣减绩效或停职培训等处分。例如：

   • 若公司制度明确“超速扣分达6分者停岗学习3天”，则需按此执行；
     
   • 若制度未细化，可参照类似违规条款（如“重大交通违章”）处理，但需确保程序合法（如提前告知制度内容、听取司机申辩）。

2. 劳动合同解除风险
   若司机多次超速或因超速导致重大事故，公司可能以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同。但需满足：

   • 制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
     
   • 司机知晓制度内容（如签字确认）；
     
   • 解除程序合法（如提前通知工会、出具书面解除通知）。
     若公司未履行上述程序，可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N倍月工资）。

3. 安全培训与责任强化
   公司可要求司机参加交通安全培训，并签订《安全驾驶承诺书》，明确后续违规的加重处罚措施（如扣分达12分直接辞退）。此举既符合《安全生产法》中“加强从业人员安全教育”的要求，也能降低未来风险。

4. 保险与赔偿问题
   若超速导致事故，公司需承担雇主责任（如赔偿第三方损失），但可向司机追偿部分损失（需在劳动合同或制度中明确追偿比例）。例如：司机故意或重大过失导致事故，公司可按30%-50%比例追偿。

建议行动步骤：

1. 核查公司《车辆管理制度》及《劳动合同》中关于交通违章的条款；
   
2. 与司机沟通，了解超速原因（如疲劳驾驶、路线不熟），针对性加强管理；
   
3. 若需解除合同，务必固定证据（如违章记录、制度公示照片）并履行法定程序。
   

如有具体制度条款或事件细节需要分析，可进一步向我说明。