执行案件的收费并非按照整个案子的欠款总额（包括已还的钱）来计算。具体来说，执行案件的收费情况通常与以下几个因素有关：
执行标的额：
- 执行案件的收费往往与执行标的额（即需要执行的金额）有关，但这里的执行标的额通常指的是尚未履行的部分，而非整个案子的原始欠款总额。也就是说，如果债务人已经偿还了一部分欠款，那么执行标的额会相应减少，执行费用也会基于这个减少后的金额来计算。
执行阶段与费用：
- 执行案件可能涉及多个阶段，如申请执行、执行实施、执行异议处理等。每个阶段都可能产生不同的费用，这些费用通常是根据实际发生的执行行为来计算的，而不是简单地基于欠款总额。
地区与法院规定：
- 不同地区和不同级别的法院可能有自己的执行费用收费标准。这些标准可能会考虑到案件的性质、复杂程度、执行难度等因素，因此具体的收费情况可能会有所不同。
律师费用：
- 如果当事人聘请了律师来代理执行案件，那么律师费用也是需要考虑的一部分。律师费用通常是根据律师的工作量、案件复杂程度、律师的经验和声誉等因素来确定的，与欠款总额没有直接关系。
法律建议：
- 在处理执行案件时，建议当事人仔细了解当地法院的执行费用收费标准，并咨询专业律师以获取更准确的费用估算。
- 如果债务人已经偿还了一部分欠款，当事人应及时与法院沟通，确保执行标的额得到相应调整，以避免不必要的费用支出。
- 当事人应保留好所有与案件相关的证据和文件，以便在需要时提供给法院或律师作为参考。
可能后果：
- 如果当事人不了解执行费用的计算方式，可能会导致对费用支出的误解或不满。
- 如果债务人已经偿还了部分欠款但未及时更新执行标的额，可能会导致当事人支付不必要的执行费用。
如有任何关于执行案件收费或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和建议。