结论：起诉时对方公司注销确实会产生影响，主要体现在可能阻碍诉讼进程、影响判决执行以及导致诉讼主体资格问题等方面。下面我将从多个角度详细分析这一问题。
一、诉讼进程可能受阻
清算障碍与诉讼不确定性：
- 当公司面临注销时，必须进行清算，清理公司的债权债务。若此时公司存在未了结的诉讼案件，其债权债务关系将处于不确定状态。这种不确定性会直接阻碍清算工作的准确进行，因为清算需要基于明确的资产和负债状况。
- 例如，如果公司作为被告涉及一起合同纠纷诉讼，且该诉讼尚未判决，那么公司的负债情况就无法确定，进而无法完成清算报告，影响注销进程。
注销申请受阻：
- 公司登记机关在审查注销申请时，会严格检查公司是否已完成清算等相关事宜。若发现公司有正在进行的诉讼案件，通常会暂停注销流程，要求公司先处理完诉讼，确保债务得到清理。
- 若公司在未处理完诉讼的情况下强行注销，可能会导致诉讼案件无人承担责任，进而损害债权人等相关方的合法权益，这也是公司登记机关不予注销的重要原因。
二、判决执行可能受影响
执行主体缺失：
- 如果公司在诉讼过程中或判决后注销，且未妥善处理债务问题，那么当债权人申请强制执行时，可能会面临执行主体缺失的问题。因为公司已经注销，不再存在，无法作为执行对象。
- 这种情况下，债权人可能需要通过其他途径来追讨债务，如向公司的股东、董事等责任人主张权利，但这往往增加了债权人的维权难度和成本。
清算责任与债务承担：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司在注销前必须完成清算工作，并妥善处理债务问题。如果清算组未履行清算义务或存在过错，导致债权人损失，清算组成员可能需要承担相应的赔偿责任。
- 因此，即使公司注销，如果清算组未妥善处理债务问题，债权人仍有可能通过法律途径追究清算组成员的责任。
三、诉讼主体资格问题
公司注销后的诉讼地位：
- 公司一旦注销，其法人资格即告消灭，不再具有诉讼主体资格。这意味着，如果公司在注销前未了结的诉讼案件，在公司注销后将无法继续以公司名义进行诉讼。
- 这种情况下，可能需要通过变更诉讼主体或追加被告等方式来继续诉讼，但这往往增加了诉讼的复杂性和不确定性。
股东或清算组的责任：
- 在某些情况下，如果公司注销后发现存在未了结的债务或诉讼案件，股东或清算组可能需要承担相应的责任。这取决于股东或清算组在注销过程中是否履行了清算义务、是否妥善处理了债务问题等因素。
建议与应对措施
及时了解对方公司状况：
- 在起诉前或诉讼过程中，应及时了解对方公司的经营状况和注销情况。如果发现对方公司有注销的迹象或已经注销，应立即采取措施保护自己的权益。
申请财产保全：
- 如果担心对方公司注销后无法执行判决，可以在诉讼过程中申请财产保全，冻结对方公司的财产或银行账户等，以确保判决能够得到有效执行。
追究清算组或股东责任：
- 如果对方公司注销后发现存在未了结的债务或诉讼案件，且清算组或股东未履行清算义务或存在过错，可以通过法律途径追究其责任，要求其承担相应的赔偿责任。
总之，起诉时对方公司注销确实会产生多方面的影响。作为原告，应及时了解对方公司的状况，采取必要的措施保护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。