在行政处罚案件中，若超过了法定的处理期限，行政机关通常需要按照以下方式处理：
程序终结或撤销案件：
- 如果行政机关在法定期限内未能完成调查取证、审查决定等必要程序，且没有正当理由延长期限，那么根据程序正当原则，行政机关可能面临程序违法的问题。在此情况下，若案件事实不清、证据不足或已无继续处罚的必要，行政机关应当依法终结程序或撤销案件，避免对当事人造成不必要的权益损害。
承担法律责任：
- 行政机关若因超期未处理行政处罚案件，导致当事人合法权益受损，可能需要承担相应的法律责任。这包括但不限于对当事人进行赔偿、接受上级行政机关的监督与问责，以及可能面临的行政诉讼败诉风险。
继续处理但需说明理由：
- 在某些特殊情况下，如案件复杂、涉及多方利益或需要进一步调查取证等，行政机关可能需要在法定期限外继续处理案件。但此时，行政机关必须向上级机关或当事人说明超期处理的正当理由，并确保处理过程的公正、公开和透明。
完善内部管理机制：
- 为避免类似情况再次发生，行政机关应当加强内部管理，完善案件处理流程和时间节点控制。通过建立健全的考核机制、监督机制和责任追究机制，确保行政处罚案件能够在法定期限内得到妥善处理。
具体处理方式还需根据案件实际情况、相关法律法规以及上级行政机关的指导意见来确定。如果您在行政处罚案件中遇到了超期处理的问题，或者对行政机关的处理方式有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。