工程合同在以下情况下会被认定为无效：

1. 承包人资质问题：

   • 未取得或超越资质等级：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，建筑施工企业必须在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。若承包人未取得建筑施工企业资质或超越资质等级承接工程，所签订的建设工程合同无效。例如，某建筑公司仅具备三级资质却承接需要一级资质的项目，该合同无效。不过，若承包人在工程竣工前取得相应资质，则不影响合同有效性。
   • 个人或无资质单位承包：不具备任何施工资质的个人或单位与发包方签订的建设工程合同同样无效。如包工头直接与开发商签订合同而无相应资质，该合同无效。
   • 借用资质（“挂靠”）：没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义订立的建设工程合同无效。此行为违反了建筑市场管理规定，扰乱了市场秩序。例如，张三个人无资质但以A公司名义与B开发商签约，并由张三实际施工，A公司仅收取管理费，此类合同无效。

2. 招标问题：

   • 必须进行招标而未招标：大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益的项目必须进行招标。若未经招标程序直接签订合同，该合同无效。如政府投资的市政道路项目未招标即签约，合同无效。
   • 中标无效：招投标过程中存在串通投标、行贿谋取中标、以他人名义投标或弄虚作假骗取中标等行为导致中标无效的，所签订的建设工程合同也无效。

3. 非法转包与违法分包：

   • 转包：承包单位承接工程后不履行责任和义务，将其全部工程转给他人或以分包名义分别转给其他单位的行为无效。如甲公司承接工程后整体转给乙公司，甲乙之间的转包合同无效。
   • 违法分包：包括总承包单位将工程分包给不具备资质的单位、未经建设单位认可的分包、将主体结构分包给其他单位以及分包单位再分包等情形。存在上述任一情形的分包合同无效。

4. 违反法律、行政法规的强制性规定：

   • 建设工程合同若违反法律、行政法规的强制性规定，也会被认定为无效。这包括但不限于违反城乡规划、土地管理、环境保护等方面的法律法规。例如，未取得建设工程规划许可证等规划审批手续即与承包方签订合同的，该合同可能无效。但若在起诉前或一审法庭辩论终结前发包人取得相应审批手续或经主管部门批准建设，合同效力可补正为有效。

5. 其他特定情形：

   • 背离中标合同实质性内容：招标人和中标人在中标合同外另行签订明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设配套设施、让利、捐赠财物等合同，导致工程价款降低的，一方当事人可请求确认该合同无效，人民法院应予支持。

法律后果：合同无效是自始、当然、确定的无效，意味着合同从订立时起就不具有法律效力。当合同被认定为无效后，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

建议：为避免工程合同无效带来的法律风险和经济损失，建议在签订合同时严格审查承包人的资质、招投标程序的合法性、合同条款与中标文件的一致性，并确保无非法转包、违法分包行为。若您在工程合同方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。