法院可以认定非法建设厂房的行为，并会依据相关法律法规作出相应的处理。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、非法建设厂房的认定依据
非法建设厂房，通常指的是未经规划、建设等行政主管部门批准，擅自进行厂房建设的行为。这种行为违反了《中华人民共和国城乡规划法》、《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规的规定。法院在认定非法建设厂房时，会依据这些法律法规，结合具体案情，判断建设行为是否合法。
二、法院对非法建设厂房的处理方式
行政处罚与司法审查：
- 行政主管部门在发现非法建设厂房的行为后，有权依据相关法律法规对建设者进行行政处罚，如责令停止建设、限期拆除、罚款等。
- 如果建设者对行政处罚不服，可以提起行政诉讼。法院在审理此类案件时，会对行政处罚的合法性、合理性进行审查，并作出相应的判决。
民事赔偿与刑事责任：
- 非法建设厂房可能侵犯他人的合法权益，如相邻权、土地使用权等。受害者可以提起民事诉讼，要求建设者承担民事赔偿责任。
- 如果非法建设厂房的行为情节严重，构成犯罪的，如非法占用农用地罪、非法经营罪等，法院将依法追究建设者的刑事责任。
三、具体案例与法律适用
- 在实际案例中，法院会根据建设厂房的具体情况，如建设规模、建设地点、是否取得相关许可等，来判断建设行为的合法性。
- 如果建设厂房未取得建设工程规划许可证或未按照建设工程规划许可证的规定进行建设，且无法采取改正措施消除对规划实施的影响的，法院可能会认定该建设行为为非法建设，并支持行政主管部门的拆除决定。
四、法律建议
- 遵守法律法规：建设者在建设厂房前，应确保取得所有必要的行政许可，并严格按照许可的规定进行建设，以避免非法建设的风险。
- 及时咨询专业律师：如果建设者对建设行为的合法性存在疑问，或面临行政处罚、民事诉讼等法律风险，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。
总结来说，法院可以认定非法建设厂房的行为，并会依据相关法律法规作出相应的处理。建设者应严格遵守法律法规，确保建设行为的合法性，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。