若启动应急维修资金有业主反对，可按以下步骤处理：

1. 核查反对理由的合法性与合理性
   首先需明确反对业主的具体理由。若反对理由涉及程序违法（如未按规定召开业主大会、未提前公示维修方案等），或实体违法（如维修项目不属于应急范围、资金使用超出预算等），则反对可能成立，需暂停流程并修正；若反对理由仅为个人主观意见（如认为维修非必要、费用过高等），则不影响合法程序的推进。

2. 核查应急维修的法定条件是否满足
   根据《民法典》第281条及《物业管理条例》第53条，应急维修资金的使用需满足“紧急情况”要件（如电梯故障、消防设施损坏、外墙渗漏等危及人身安全或公共安全的情形）。若维修项目确属法定紧急范围，且已按地方规定完成紧急情况认定（如物业报告、业委会确认、第三方机构鉴定等），则反对业主的主张可能无法阻却资金使用。

3. 通过法定程序化解争议

   • 召开业主大会说明情况：若反对业主较多，可组织业主大会或业主代表会议，由物业、业委会或相关部门说明维修的必要性、资金使用方案及法律依据，争取多数业主支持。
     
   • 申请政府介入协调：若争议无法通过业主大会解决，可向街道办、房管部门等申请协调，由政府介入调查并出具处理意见。
     
   • 诉讼或仲裁：若反对业主以侵权为由起诉业委会或物业，法院将根据维修的紧迫性、程序合法性等综合判断资金使用是否有效。

4. 特殊情形下的处理

   • 紧急情况下的“先修后补”程序：部分地方规定（如《北京市物业管理条例》第92条）允许在紧急情况下先启动维修，再补办业主大会表决或公示手续。此时需保留完整证据（如现场照片、维修合同、紧急情况认定文件等），以应对后续可能的异议。
     
   • 反对业主比例未达法定门槛：若反对业主的专有部分面积或人数未达到总投票权数的三分之一（具体比例以地方规定为准），则其反对不影响决议效力。

建议：

• 物业或业委会应提前制定详细的维修方案、预算及资金分摊规则，并通过书面通知、公告栏、业主群等多渠道公示，减少信息不对称导致的反对。
  
• 保留所有沟通记录、表决文件及维修凭证，以备后续争议时作为证据。
  
• 若反对业主持续阻挠且无合法理由，可依法追究其妨碍公共利益的责任。
  

如有具体案例或地方规定需要进一步分析，可直接向我咨询。