当合作股份（即股东合作协议）到期时，处理方式确实需要综合考虑多个方面，包括股东的意愿、公司的实际状况以及相关的法律规定。以下是我为您提供的详细解答：
一、合同到期后的基本处理原则
自动终止与继续履行：
- 如果协议到期后，各方股东没有续签且停止了履行原协议中的义务，那么合同将自动终止。
- 如果虽然未续签，但各方仍按照原协议的条款继续履行，这通常被视为合同继续有效。不过，为了明确各方的权利和义务，建议及时补签书面协议。
提前协商与准备：
- 在合同到期前，股东之间应该进行充分的协商，评估过去的合作效果，并决定是否续签协议或调整合作方式。
- 如果决定继续合作，应提前准备续签或修改协议的相关工作，包括确定新的合作期限、权利义务等关键条款。
二、续签或修改协议的具体步骤
续签协议：
- 在协商一致的基础上，重新签订股东合作协议，明确新的合作期限、各方的权利义务、利润分配方式等关键条款。
- 办理必要的公司内部变更手续，如修改公司章程、进行工商登记变更等，以确保新协议的法律效力。
修改与完善条款：
- 根据过去的合作经验以及公司未来的发展规划，对原协议进行全面审查。
- 调整利润分配、职责权限、决策机制等条款，以适应公司发展的新需求。
- 通过签署补充协议或重新签订协议的方式，将修改后的条款固定下来，确保各方权益得到保障。
三、不再合作的处理方式
股权转让：
- 如果股东之间不再愿意继续合作，可以考虑股权转让的方式退出。
- 内部转让：股东之间可以协商转让股权，这种方式相对简单，但需要确保双方就转让价格、份额等达成一致。
- 外部转让：如果向公司外部的第三方转让股权，需要遵循公司章程及法律规定，经过其他股东过半数同意，并保障其他股东的优先购买权。
公司清算与解散：
- 如果所有股东都决定不再继续合作，且公司没有继续运营的价值或可能，可以考虑启动清算程序。
- 全面清查公司的资产和负债，编制清单，并通知债权人申报债权。
- 在清偿所有债务后，按照股东的出资比例或协议约定分配剩余财产。
- 最后办理注销登记，正式终止公司的法人资格。
四、法律依据与注意事项
法律依据：
- 在处理合作股份到期的问题时，应依据《公司法》及相关法律法规进行操作。
- 明确合同履行期限、违约责任等条款的法律效力，确保所有操作的合法性和有效性。
结算与清算：
- 合同终止时，应按照约定进行结算和清算工作，确保各方的权益得到妥善处理。
违约责任：
- 如果在合作过程中存在违约行为，违约方应承担相应的法律责任，包括赔偿损失等。
专业咨询：
- 面对复杂的法律条款或争议时，建议及时咨询专业律师的意见，以确保合同变更的合法性和可行性。
综上所述，合作股份到期时的处理方式应根据实际情况和股东意愿来决定。通过协商、续签、修改协议或采取其他适当措施来明确合同状态并保障各方权益。同时，应严格遵守相关法律法规，确保所有操作的合法性和有效性。希望这些解答能对您有所帮助。