法院对违建一层房屋的处理方式需结合具体案情，但通常遵循以下法律逻辑和程序：

1. 确认违建性质与合法性审查
   法院首先会审查房屋是否属于“违法建筑”，依据包括《城乡规划法》《土地管理法》等。若房屋未取得建设工程规划许可证、乡村建设规划许可证，或违反规划用途、超面积建设等，可能被认定为违建。

   • 若房屋属于“可改正的违建”（如补办手续后可合法化），法院可能责令限期改正（如补办证件、拆除超建部分）。
     
   • 若属于“无法改正的违建”（如占用耕地、公共绿地或严重影响规划），法院可能直接判决拆除。

2. 行政诉讼与民事诉讼的区分处理

   • 行政诉讼（针对行政机关行为）：若原告起诉的是行政机关（如城管局）的强拆决定、处罚决定，法院会审查行政行为的合法性。若行政机关程序违法（如未履行催告、未给予陈述申辩权），可能撤销行政决定；若行政行为合法，则驳回原告诉求。
     
   • 民事诉讼（针对相邻权、合同纠纷等）：若因违建引发相邻权纠纷（如遮挡采光、排水），法院可能判决违建方排除妨碍（如拆除违建部分）；若涉及房屋买卖合同纠纷（如买卖违建房屋），法院可能认定合同无效，并要求返还财产或赔偿损失。

3. 执行阶段的处理
   若法院判决拆除违建，但当事人拒不履行，行政机关可申请法院强制执行。执行过程中，法院会协调城管、公安等部门，确保拆除程序合法（如通知当事人到场、清点财物、避免损害合法财产）。

4. 特殊情形下的处理

   • 历史遗留问题：若房屋建于《城乡规划法》实施前（2008年1月1日前），且符合当时政策，可能被认定为“合法建筑”或“限期补办手续”。
     
   • 农村自建房：若房屋在宅基地范围内建设，虽未取得规划许可，但符合“一户一宅”原则，可能仅被罚款而非拆除。
     
   • 公益用途违建：如违建用于学校、医院等公益设施，法院可能暂缓拆除，要求限期补办手续或缴纳罚款。

建议：若涉及违建纠纷，需尽快收集房屋建设时间、规划许可、行政处罚决定等证据，明确诉讼类型（行政/民事）及诉求（确认合法、赔偿损失、阻止强拆等），以便法院准确裁判。如有具体案情，可直接向我咨询，我会结合证据和法律条款提供详细方案。