公司承包工程验收几年后发现不合格，处理方式需根据具体情况确定，主要涉及责任划分、追责时效及解决途径等方面。具体分析如下：

1. 责任划分

   • 承包方责任：若不合格是由于承包方在施工过程中未按照合同约定、设计文件或相关规范进行施工导致的，承包方应承担主要责任。这包括但不限于返工、修理、更换等补救措施，以使工程达到合格标准。
   • 发包方责任：如果发包方在工程验收过程中存在过错，如未按照规定的程序进行验收、验收标准不明确或故意隐瞒问题等，发包方也可能需要承担一定的责任。这种情况下，责任的划分可能需要根据双方的过错程度进行协商或由法院判决。
   • 第三方责任：在某些情况下，工程不合格可能是由于第三方的原因造成的，如设计单位的设计错误、材料供应商提供的材料质量问题等。这时，需要根据与第三方的合同关系来追究其相应的责任。

2. 追责时效

   • 诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果发包方在工程验收后几年内发现不合格，且在该时效期间内提起诉讼或仲裁，其请求可能会得到支持。但需要注意的是，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
   • 最长保护期：在某些特殊情况下，如自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院可能不予保护。但如果有特殊情况，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

3. 解决途径

   • 协商：双方可以首先尝试通过协商的方式解决争议。这可以包括重新协商合同条款、确定补救措施、分担责任等。
   • 调解：如果协商不成，双方可以寻求第三方调解机构的帮助，通过调解的方式解决争议。
   • 仲裁或诉讼：如果调解也不成功，双方可以根据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼。

4. 实际操作建议

   • 及时取证：在发现工程不合格后，发包方应及时收集相关证据，如验收报告、施工记录、照片、视频等，以证明工程不合格的事实和原因。
   • 咨询专业律师：在处理此类争议时，建议咨询具有相关经验的律师，以便更好地了解自身权益和可能的法律后果，并制定合适的解决策略。
   • 考虑实际成本：在决定采取何种解决途径时，双方应考虑实际成本，包括时间成本、经济成本等，以选择最合适的解决方式。