关于质量保证金的比例及其计算基数，结论如下：
质量保证金的预留比例：根据现行《建设工程质量保证金管理办法》的规定，工程质量保证金的预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。这一比例是法定上限，合同双方可以在此范围内协商确定具体的预留比例，但不得超过该上限。
质量保证金的计算基数：质量保证金的计算基数是工程价款结算总额，而非合同价。工程价款结算总额是指发包人与承包人按照合同约定，对实际完成的工程量进行结算后确定的工程价款总额。这意味着，如果合同履行过程中发生了工程量变更、价格调整等情况，导致实际结算价与合同价不一致时，应以实际结算价作为计算质量保证金的基数。
详细分析：
质量保证金的作用：质量保证金是为了确保施工企业在缺陷责任期内对已通过竣（交）工验收的项目工程出现的缺陷进行维修的资金保障。这一制度有助于维护项目工程的质量安全，保障发包人的合法权益。
合同条款的约定：在签订建设工程施工合同时，双方应明确约定质量保证金的预留比例、返还期限及方式等关键条款。这些条款的约定应符合法律法规的规定，以确保合同的合法性和有效性。例如，合同中可以约定质量保证金由建设单位从施工企业工程计量拨款中直接扣留，且不计算利息（或双方协商确定是否计息及计息方式）。
合规性提醒：在实际操作中，务必详细查阅并遵守相关法律法规、合同条款以及项目特性所对应的具体规定。如遇法律法规调整或项目特性变化，应及时更新合同条款以确保合规性。例如，如果新的法律法规对质量保证金的预留比例或计算基数做出了新的规定，双方应及时调整合同条款以符合新的要求。
建议：
在签订建设工程施工合同时，双方应充分协商并明确约定质量保证金的预留比例、计算基数、返还期限及方式等关键条款。这些条款的约定应尽可能详细、明确，以避免后续纠纷。
在合同履行过程中，双方应严格按照合同约定履行各自的义务。如果发生工程量变更、价格调整等情况导致实际结算价与合同价不一致时，应及时调整质量保证金的计算基数并重新计算质量保证金金额。
如果双方在质量保证金的预留、计算或返还等方面发生争议时，可以寻求专业律师的帮助以维护自身的合法权益。
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