结论：工作在公司9个小时是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及工时制度、加班情况以及是否经过合法程序协商等因素。以下是对此问题的详细分析：
一、标准工时制度下的情况
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过40小时（注：原44小时规定已调整为40小时，以最新法规为准）的工时制度。这是保障劳动者权益的基本法律要求。
合法性分析：
- 在标准工时制度下，如果劳动者被安排每天工作9小时，且这9小时未包含合理的休息时间（如用餐、短暂休息等），那么这明显超过了法定的8小时工作制，因此通常是不合法的。
- 用人单位若需安排劳动者延长工作时间，必须按照法律规定支付加班工资，且加班工资的支付标准为平时工资的150%。若未支付加班工资，则进一步构成违法。
二、特殊工时制度下的情况
综合计算工时工作制：
- 对于因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，可以实行综合计算工时工作制。
- 在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
- 实行此工时制度需要经过劳动行政部门审批。若符合条件且经过审批，9小时的日工作安排在计算周期内总工时不超标准的情况下是合法的。
不定时工作制：
- 不定时工作制下，劳动者工作时间没有固定的限制，用人单位无需支付延长工作时间的加班工资。
- 同样需要经过劳动行政部门审批，并适用于特定岗位，如高级管理人员、外勤人员等。
- 若是不定时工作制岗位且经过审批，9小时工作安排不涉及加班工资问题，因此可以视为合法。
三、特殊情况下的延长工作时间
法律规定：
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
合法性分析：
- 在特定条件下，经过合法程序协商，劳动者的工作时间可以超过8小时，但必须严格遵守上述限制条件。
- 如果劳动合同中规定的上班时间为9小时，且未经合法程序协商或超出延长工作时间的限制，则通常是不合法的。
四、劳动者权益保护与建议
权益保护：
- 劳动者应了解自己的工作时间权利，并在发现工作时间超过法定标准时及时向用人单位提出异议。
- 若用人单位拒绝改正，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。
建议：
- 对于劳动者：在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，确保工作时间和劳动报酬等权益得到保障。如发现违法或不合理条款，应及时与用人单位沟通协商或寻求法律援助。
- 对于用人单位：应严格遵守国家劳动法规，合理安排劳动者的工作时间和休息时间，保障劳动者的身心健康和合法权益。同时，加强内部管理，完善规章制度，确保企业的合法合规运营。
总结：工作在公司9个小时是否合法，需根据具体的工时制度、加班情况以及是否经过合法程序协商等因素来判断。双方都应充分了解相关法律法规和自身权益，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。