在农村房屋确权过程中，当涉及两兄弟共建房屋的情况时，确权需要遵循一系列法律法规和政策要求，以确保整个过程的合法性、公平性和合理性。以下是对这一问题的详细解答：
一、确权的基本原则
一户一宅原则：根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地面积不得超过当地规定的标准。这是确权的基本前提。
尊重历史与现实：在确权过程中，需要兼顾历史传承和现实情况，遵循有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，确保确权结果既符合法律规定，又符合实际情况。
二、确权方式及流程
（一）协商一致的情况
约定房屋归属：两兄弟应基于公平、合理、自愿的原则，就房屋的归属进行充分沟通并达成一致意见。这可以通过家庭会议、协商谈判等方式进行。
签订书面协议：双方需签订具有法律效力的书面协议，明确房屋的基本信息（如位置、面积、结构等）、确权归属方案（即房屋归谁所有或双方共有）及双方的权利义务等内容。协议应由双方签字并按手印，以确保其法律效力。
提交申请与材料：由确定的房屋权利人（或双方共同）向当地不动产登记机构或相关管理部门提出确权申请，并提交申请书、协议、身份证明、宅基地使用证（如有）、房屋建设审批文件等材料。这些材料是确权的重要依据，必须真实、完整、有效。
审核与公示：相关部门对提交的材料进行审核，核实无误后在村里进行公示，公示期不少于15个工作日。公示的目的是让村民了解确权情况，如有异议可以及时提出。
登记发证：若公示期满无异议或异议不成立，不动产登记机构将为房屋权利人办理确权登记手续，并颁发不动产权证书。这是确权的最终结果，具有法律效力。
（二）协商一致存在困难的情况
寻求调解：若两兄弟无法自行协商一致，可请求村委会、人民调解委员会等第三方介入调解。调解应依据法律法规和村规民约进行，提出合理的调解方案。
法律途径：若调解无果，一方可向当地人民法院提起诉讼。法院将根据证据、房屋历史使用情况等因素进行审理和判决。最终根据法院的生效判决确定房屋归属，并办理确权登记手续。
三、确权过程中需考虑的因素
宅基地的来源和取得方式：在确权过程中，需要尊重历史和传统习惯，合理确定宅基地的归属。如果宅基地是两兄弟共同继承或共同申请取得的，那么在确权时应考虑这一因素。
房屋建设和使用情况：根据两兄弟在房屋建设和使用过程中的贡献大小和实际使用情况协商确定归属。如果一方在房屋建设和使用过程中付出了更多努力或资金，那么在确权时应给予适当考虑。
家庭成员结构和居住需求：在确权过程中，还需要考虑家庭成员的结构和居住需求。如果两兄弟都有居住需求，且宅基地面积足够大，那么可以考虑双方共有或分别确权的方式。
四、确权具体流程（补充）
准备材料：除了上述提到的材料外，还需要准备土地登记申请书、身份证明、土地权属来源证明等地籍调查成果资料。这些材料是确权申请的重要组成部分。
提交申请：向当地土地管理部门提交确权申请及相关材料。申请时应注明房屋的基本情况、确权归属方案及申请理由等。
实地调查：国土部门将对宅基地的范围、界线、权属性质等进行实地调查并记录。这是确权的重要环节，必须确保调查结果的准确性和真实性。
公告与登记：审核无误后进行公告，公告期满后由当地政府签发农村宅基地使用权证和房屋所有权证。这是确权的最终步骤，标志着房屋权属的正式确认。
综上所述，农村房屋确权涉及两兄弟时，应首先尝试通过协商达成一致意见并签订书面协议；协商困难时可寻求调解或通过法律途径解决争议。在整个过程中，需遵循相关法律法规和政策要求，综合考虑多种因素，确保确权的合法性、公平性和合理性。