应届生签署三方协议后，甲方（即用人单位）是一定会知道的。以下从几个方面为你详细解释：

一、三方协议的性质与签署流程

三方协议是毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中签订的协议，它明确了三方的权利和义务。在签署流程上，通常需要毕业生、用人单位和学校三方都签字或盖章后，协议才生效。这意味着，一旦协议签署完成，用人单位（甲方）作为协议的一方，自然会持有协议文本，从而知晓协议的内容以及毕业生的签约情况。

二、用人单位的知情权

从法律角度来看，用人单位在签署三方协议后，享有对协议内容的知情权。这包括了解毕业生的个人信息、就业意向、薪酬待遇等关键条款。这些信息对于用人单位来说至关重要，因为它们直接关系到用人单位的招聘计划和人力资源管理。因此，用人单位在签署协议后，必然会仔细审阅协议内容，以确保自身权益得到保障。

三、实际操作中的确认方式

在实际操作中，用人单位通常会通过以下方式确认毕业生的签约情况：

1. 协议文本留存：用人单位在签署协议后，会留存一份协议文本作为备案，以便后续查阅和确认。
2. 内部系统记录：许多用人单位都有内部的人力资源管理系统或招聘系统，用于记录员工的招聘、入职等信息。在签署三方协议后，用人单位可能会将这些信息录入系统，以便后续管理和查询。
3. 与学校或毕业生沟通：在协议签署过程中或签署后，用人单位可能会与学校或毕业生进行沟通，以确认协议的签署情况和毕业生的就业意向。

四、对毕业生的建议

对于应届生来说，在签署三方协议前，应充分了解协议内容，确保自己的权益得到保障。同时，在签署协议后，也应保持与用人单位的沟通，及时了解协议的执行情况和后续安排。如果毕业生对协议内容或签署流程有任何疑问或担忧，可以随时向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。

五、特殊情况说明

虽然一般情况下用人单位会知道毕业生的签约情况，但也存在一些特殊情况。例如，如果协议在签署过程中出现遗失、损坏或未及时送达用人单位等情况，可能导致用人单位暂时不知道毕业生的签约情况。然而，这种情况较为罕见，且通常可以通过与学校或毕业生的沟通来及时解决。

综上所述，应届生签署三方协议后，甲方（用人单位）是一定会知道的。如果你在签署协议过程中或签署后遇到任何法律问题或疑虑，欢迎随时向我咨询。