在处理涉及被告公司变更地址后如何确认所在地的问题时，我们首先要明确的是，这通常与诉讼管辖权的确定紧密相关。以下是对这一问题的详细解答：

一、基本原则

根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》的相关规定，当管辖协议约定由一方当事人住所地人民法院管辖，且协议签订后当事人住所地发生变更时，原则上应由签订管辖协议时的住所地人民法院管辖，除非当事人另有约定。

二、具体情形分析

1. 合同中有明确约定管辖法院：

   • 如果合同中明确约定了争议应由被告公司住所地法院管辖，并且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是合法有效的。
   • 在此情况下，即使被告公司住所地后来发生了变更，也应以签订合同时的住所地为准来确定管辖法院。

2. 公司注册地与主要办事机构所在地不一致：

   • 如果公司的注册地与主要办事机构所在地不一致，且合同中未明确约定管辖法院，那么根据法律规定，应以公司的主要办事机构所在地为住所地来确定管辖法院。
   • 在此情况下，主张以公司主要办事机构所在地为管辖连接点的当事人，需要提供相关证据材料，如房屋租赁合同、物业公司开具的证明等，以证明公司的主要办事机构确实位于受诉法院辖区内。

3. 合同中载明了非注册登记地的公司地址：

   • 如果合同中载明了非注册登记地的公司地址，并约定由该地址所在地的法院管辖，且该约定是双方当事人的真实意思表示，且在合同中无相斥意思表示、各方在签订合同时均未提出异议，那么可以推定该地址是公司签订合同时的主要办事机构所在地。
   • 在此情况下，除非被告公司能提供充分证据证明该地址并非其主要办事机构所在地，否则应以合同中载明的地址为准来确定管辖法院。

三、实际操作建议

• 在签订合同时：双方应明确约定争议解决的方式和管辖法院，以避免后续因管辖权问题产生争议。
• 在发生纠纷时：原告应仔细审查合同中的管辖条款，并收集相关证据材料以支持自己的主张。如果被告公司住所地发生了变更，原告应根据上述原则来确定正确的管辖法院。
• 在应对管辖权异议时：被告公司应积极提供证据材料来支持自己的主张，如住所地工商登记变更记录、房屋租赁合同等，以证明自己的住所地确实发生了变更或合同中载明的地址并非其主要办事机构所在地。

综上所述，被告公司变更地址后如何确认所在地以确定管辖法院，需要根据合同中的约定、公司的注册地与主要办事机构所在地以及相关法律法规的规定来综合判断。