水利灌区改造工程在进行时，确实需要办理一系列合法性手续，以确保工程的合法性和合规性。以下是根据相关法律法规和政策，为您详细梳理的水利灌区改造工程所需的合法性手续：
一、设定依据与审批项目
《中华人民共和国水法》：该法规定，从事工程建设，若占用农业灌溉水源、灌排工程设施，或对原有灌溉用水、供水水源有不利影响，建设单位需采取补救措施，并依法给予补偿。
《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》：其中明确提到“占用农业灌溉水源、灌排工程设施审批”为需保留的行政审批项目，实施机关为各级人民政府水行政主管部门或流域管理机构。
《农田水利条例》：该条例规定，新建、改建、扩建建设工程确需占用农业灌溉水源、农田水利工程设施的，需与相关单位或个人协商，并报经有管辖权的县级以上地方人民政府水行政主管部门同意。
二、审批条件与流程
申请条件：
- 工程需对占用农业灌溉水源、灌排工程设施，或对原有灌溉用水、供水水源有不利影响的情况，实行有偿占用与等效兴建替代相结合的原则。
- 若迁移、损坏等影响农业灌溉水源、灌排工程设施运行管理，需采取补救措施或按重置价赔偿，并承担相应的管理维修费用。
- 替代工程初步设计和农业灌溉影响评价报告需经技术审查同意，且受益范围内无矛盾、争议或有涉及第三者利益的协议书（承诺书）。
申请材料：
- 行政许可申请书
- 占用农业灌溉水源、灌排工程设施补偿项目申报文件
- 项目可研审批、核准或备案文件
- 与有利害关系的第三方达成的协议或承诺函
- 经审查同意的农业灌溉水源、灌排设施影响评价报告（附评审意见）
- 经审查同意的占用农业灌溉水源、灌排工程设施补偿项目设计文件（附评审意见）
- 建设单位和法人代表的有关证照原件
审批流程：
- 受理前责任：公布行政许可办事指南和业务手册，提供准确、可靠的信息。
- 受理责任：统一对外受理行政许可申请，对申请材料进行初步审查，告知申请人需要补正的全部内容。
- 审查责任：确定行政许可审查人，根据申请材料提出审查意见，必要时进行实地核查。
- 决定责任：确定行政许可决定人，根据审查意见作出行政许可决定，并出具书面决定。
- 送达责任：将书面决定送达申请人。
三、其他注意事项
办理时限：法定时限和承诺时限均为20个工作日，具体时间可能因地区和政策差异而有所不同。
收费标准：根据相关规定，该审批项目不收取费用。
事后监管：水利部门会制定监管标准规范，推行投诉举报处理、执法信息公示等制度，确保工程的合规性和可持续性。
四、建议与提醒
- 在进行水利灌区改造工程前，建议提前咨询当地水利部门，了解具体的审批流程和所需材料。
- 确保所有申请材料的真实性和完整性，避免因材料不全或虚假而耽误审批进度。
- 积极配合水利部门的审查工作，及时提供所需信息和资料。
希望以上信息能对您有所帮助。如果您在办理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时咨询当地水利部门或相关机构。